结论：经济犯罪取保候审处理完毕后，工资是否要补发当初扣留部分，需根据具体情况判断，主要包括是否与案件相关、扣留是否合法以及单位规章制度等因素。以下从不同角度详细分析：
一、工资扣留与案件的相关性
若工资扣留与案件直接相关：
- 在经济犯罪案件中，如果工资扣留是作为案件调查的一部分，例如作为证据保全或赃款追缴的措施，那么这部分工资的扣留可能是合法的，且在一定条件下可能不会全额补发。
- 但即便如此，如果最终查明扣留的工资并非赃款或与案件无关，那么单位应当予以补发。
若工资扣留与案件无直接关联：
- 如果工资扣留并非出于案件调查的需要，而是单位单方面决定扣留，那么这种扣留行为可能构成违法。
- 在这种情况下，员工有权要求单位补发被扣留的工资，并可能依据相关法律法规追究单位的法律责任。
二、扣留工资的合法性
合法扣留：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，单位在特定情况下（如员工违反规章制度、造成经济损失等）可以扣留员工工资，但扣留的比例和期限需符合法律规定。
- 如果单位扣留工资的行为符合法律法规的规定，且员工对此无异议或已接受处理，那么取保候审处理完毕后，单位可能无需补发被扣留的工资。
非法扣留：
- 如果单位扣留工资的行为违反了法律法规的规定，如扣留比例过高、期限过长或未经员工同意等，那么这种扣留行为就是非法的。
- 在这种情况下，员工有权要求单位立即补发被扣留的工资，并可能依据相关法律法规要求单位支付赔偿金或承担其他法律责任。
三、单位规章制度的影响
规章制度合法有效：
- 如果单位的规章制度中明确规定了工资扣留的情形和程序，且这些规定符合法律法规的要求，那么单位在依据规章制度扣留工资时，员工需遵守并接受处理。
- 但即便如此，如果规章制度中的规定与法律法规相冲突或不合理，员工仍有权提出异议并要求单位予以纠正。
规章制度无效或未规定：
- 如果单位的规章制度中未规定工资扣留的情形和程序，或者规定的内容违反了法律法规的要求，那么单位扣留工资的行为就是无效的。
- 在这种情况下，员工有权要求单位立即补发被扣留的工资，并可能依据相关法律法规追究单位的法律责任。
四、建议与行动
与单位协商：
- 首先，建议员工与单位进行友好协商，了解工资扣留的具体原因和依据，并尝试达成和解协议。
寻求法律援助：
- 如果协商无果或单位拒绝补发工资，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师（如我），了解自己的权益和维权途径。
提起劳动仲裁或诉讼：
- 根据具体情况，员工可以向劳动仲裁机构提起劳动仲裁或向人民法院提起诉讼，要求单位补发被扣留的工资并承担相应的法律责任。
最后，经济犯罪取保候审处理完毕后工资是否要补发当初扣留部分，需根据具体情况判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。