关于您提出的“检察院不起诉取保候审期间扣发的工资取保候审结束后是否可以补发”的问题，这确实是一个涉及员工权益和劳动关系处理的重要问题。以下是我根据相关法律法规和实际情况，为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，取保候审结束后工资是否补发，主要取决于以下几个因素：员工的劳动关系状态、是否被判定有罪，以及单位的具体规定和劳动合同的约定。
一、对于国家机关和事业单位工作人员
未被追究刑事责任：
- 如果员工最终被认定无罪或被决定不起诉，那么取保候审期间停发的工资应当补发。因为员工并未构成犯罪，其正常的工资待遇不应受到影响。例如，某国家机关工作人员经侦查和审查起诉后，检察院作出不起诉决定，那么该工作人员在取保候审期间停发的工资就应补发。
被追究刑事责任：
- 如果员工最终被判处刑罚，如管制、拘役、有期徒刑等，那么根据相关规定，在被采取强制措施期间及服刑期间，工资待遇会有不同的处理方式，一般不会补发取保候审期间的工资。若被判处有期徒刑并被开除公职，自判决生效之日起停发工资，且取保候审期间工资也不予补发。
二、对于企业员工
劳动合同有约定：
- 如果劳动合同中明确约定了取保候审期间工资的支付方式，那么就按照约定执行。例如，双方可能约定在被司法机关采取强制措施期间，工资按当地最低工资标准发放。
劳动合同无约定：
- 如果员工被取保候审但最终未被追究刑事责任，企业通常应恢复其工作并补发工资。因为员工并未因犯罪行为而丧失获取劳动报酬的权利。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第六项的规定，如果劳动者被依法追究刑事责任，用人单位可以解除劳动合同。所以，如果员工最终被追究刑事责任，企业有权依据此条款解除劳动合同，并且无需补发取保候审期间的工资。
三、特殊情况下的工资处理
- 对于国家机关和事业单位工作人员，取保候审期间可能停发原工资，改按一定标准计发生活费。这个标准因地区和单位性质而异。如果最终证明无罪，单位应补发被扣除的工资；如果受到行政或刑事处罚，补发工资时可能会考虑这些因素。
- 对于企业职工，如果取保候审期间与单位暂时停止履行劳动合同，单位不承担工资发放义务。但如果职工提供了劳动义务，单位应至少发放最低工资待遇。取保候审结束后，如果职工与单位仍保持劳动关系且未被判定有罪，单位应补发被扣发的工资。
四、法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》：规定了工资应按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。这为取保候审结束后工资补发提供了法律基础。
- 《中华人民共和国劳动合同法》：第三十九条规定了用人单位可解除劳动合同的情形，其中第六项为劳动者被依法追究刑事责任的。在取保候审期间及结束后，双方应遵守相关法律法规和劳动合同约定处理工资事宜。
综上所述，取保候审结束后工资的补发问题确实需要根据具体情况而定。在处理此类问题时，我们应遵循相关法律法规和公平原则，确保员工的合法权益得到保障。如果您对此仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业律师或相关机构。