结论：公务员在取保候审结束且依法不起诉后，停发的工资是否可以补发，需根据具体情况判断，主要包括是否被追究刑事责任、单位内部规定以及停发工资的合法性等因素。以下是对此问题的详细分析：
是否被追究刑事责任：
- 未被追究刑事责任：如果公务员在取保候审结束后，依法不被起诉，且未被法院判定有罪，那么其并未被追究刑事责任。根据《中华人民共和国公务员法》及相关规定，公务员在未被追究刑事责任的情况下，其工资待遇原则上应恢复。因此，停发的工资在理论上是可以补发的，但具体还需看单位内部规定和实际操作。
- 被追究刑事责任：如果公务员在取保候审结束后，虽然依法不被起诉，但后续被其他方式（如行政处罚、纪律处分等）追究责任，且这些责任导致其工资待遇受到影响，那么停发的工资可能无法补发。这取决于具体的处罚决定和单位规定。
单位内部规定：
- 公务员的工资待遇不仅受国家法律法规的约束，还受单位内部规定的调整。如果单位在公务员取保候审期间或结束后，有明确的内部规定关于工资停发与补发的条件，那么公务员的工资补发情况将受这些规定的约束。
停发工资的合法性：
- 如果公务员在取保候审期间或结束后，单位停发工资的行为缺乏合法依据，如未经法定程序、未遵循相关规定等，那么公务员有权要求单位补发工资。在这种情况下，公务员可以通过法律途径维护自己的合法权益，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼。
法律建议：
- 对于公务员而言，如果取保候审结束后依法不被起诉，且认为单位停发工资的行为缺乏合法依据，建议首先与单位进行沟通协商，了解停发工资的具体原因和依据。
- 如果沟通协商无果，公务员可以向所在单位的上级主管部门或相关劳动行政部门投诉举报，寻求行政救济。
- 必要时，公务员还可以咨询专业律师，通过法律途径维护自己的合法权益，如申请劳动争议仲裁或提起诉讼。
可能后果：
- 如果公务员成功证明单位停发工资的行为缺乏合法依据，那么单位可能需要补发工资，并可能承担相应的法律责任，如支付赔偿金等。
- 如果公务员无法证明单位停发工资的行为缺乏合法依据，或者单位停发工资的行为符合相关法律法规和单位内部规定，那么公务员可能无法获得工资补发。
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