若不起诉后单位未补发取保候审期间的工资，劳动者有权要求单位补发。具体分析如下：
工资补发情况
若单位在取保候审期间按原工资标准支付工资：
若单位在取保候审期间扣发工资：
- 由于不起诉意味着之前限制人身自由可能有误，单位应按正常劳动时的工资标准补发被限制人身自由期间的工资。
- 若单位拒绝补发，劳动者可先与单位协商；协商不成，可申请劳动仲裁，通过法律途径维护自身权益。
法律依据
- 取保候审是刑事诉讼过程中的一种非羁押性强制措施，取保候审期满并不意味着案件已经了结或者犯罪嫌疑人不会被起诉。若最终不起诉，表明犯罪嫌疑人未被认定有罪。
- 根据法律公平原则，若劳动者因被错误采取限制人身自由措施导致收入减少，单位应予以补偿。
结论总结
因此，若单位在取保候审期间扣发了劳动者的工资，且最终决定不起诉，那么单位应按正常劳动时的工资标准补发被限制人身自由期间的工资。若单位拒绝补发，劳动者可通过协商或劳动仲裁的方式维护自身权益。