结论：不服从管理时，公司采取停薪学习的措施是否合法，需根据具体情况判断，一般而言，若公司规章制度未明确规定且未与员工协商一致，该措施可能不合法。以下从不同角度详细分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度需合法有效：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论），并公示或告知劳动者。
- 若公司规章制度中明确规定了“不服从管理可停薪学习”的条款，且该条款不违反法律、行政法规及政策规定，同时已向员工公示或告知，则该条款可能具有法律效力。但需注意，“停薪”可能涉及克扣工资，需严格符合法定情形（如《工资支付暂行规定》第十六条规定的因劳动者原因造成经济损失的赔偿）。
规章制度未规定或规定违法：
- 若规章制度未规定此类措施，或规定本身违法（如直接规定“不服从管理即停薪”），则公司无权单方面采取停薪学习措施。此时，员工有权拒绝并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
二、劳动合同及协商一致的角度
劳动合同约定：
- 若劳动合同中明确约定了“不服从管理可停薪学习”的条款，且该条款不违反法律强制性规定，则双方需按合同履行。但实践中，此类条款因可能侵犯劳动者权益而较少被认定为有效。
协商一致原则：
- 根据《劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。若公司希望采取停薪学习措施，应与员工协商并达成一致。未经协商一致单方面停薪，属于违法行为，员工可要求公司支付工资并可能主张经济补偿。
三、法律后果及建议
法律后果：
- 若公司违法停薪，员工可依据《劳动合同法》第三十八条以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿（按工作年限，每满一年支付一个月工资）。
- 同时，员工可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发工资并承担相应法律责任。
建议：
- 对员工：若遭遇违法停薪，应保留相关证据（如工资条、停薪通知、沟通记录等），及时与公司协商或寻求法律帮助。
- 对公司：应完善规章制度，确保合法有效；采取管理措施时需与员工协商一致，避免违法风险；若员工确实存在违纪行为，可依据规章制度依法处理（如警告、罚款、解除劳动合同等），但需确保程序合法、证据充分。
总结：不服从管理时，公司采取停薪学习措施需谨慎。若规章制度未规定、未协商一致或规定违法，则该措施可能不合法。员工有权拒绝并维护自身权益，公司应依法管理以避免法律风险。如有具体问题，可直接向我咨询。