关于“小食品证办理收钱是否合法”的问题，这主要取决于具体的办理流程和当地的政策规定。不过，我可以根据一般情况和您提供的参考信息，给您一个清晰、详细的解答。

首先，需要明确的是，在正规流程下，办理食品小作坊登记证（即您所说的小食品证）是不应该收取费用的。这一点在多个地区的食品小作坊登记管理办法中都有明确规定。例如，在《安徽省食品小作坊登记管理办法(试行)》中，就明确指出了“收费依据及标准：免费”。同样，在《广东省市场监督管理局食品生产加工小作坊登记管理办法》的解读中，也并未提及办理过程中需要收取费用。

那么，为什么有人会反映在办理过程中被收费呢？这可能有以下几种情况：

1. 非正规渠道办理：有些人可能通过非正规渠道或中介机构来办理食品小作坊登记证，这些机构可能会以各种名义收取费用。但这种方式不仅可能违反规定，还可能存在风险，如证件真实性无法保证等。

2. 误解或误导：有些办理者可能对办理流程不熟悉，被某些不法分子以“加急费”、“手续费”等名义误导而支付了额外费用。

3. 地区差异或政策变动：虽然大多数地区都明确规定办理食品小作坊登记证是免费的，但也不能完全排除某些地区或特定时期存在政策差异或变动的情况。不过，这种情况相对较少，且通常会有明确的公告或通知。

因此，我建议您：

• 在办理食品小作坊登记证时，务必通过正规渠道，即当地的市场监督管理局或相关政府部门进行办理。
• 提前了解并熟悉当地的办理流程和所需材料，避免被不法分子误导或欺骗。
• 如果遇到任何收费情况，务必要求对方出示明确的收费依据和标准，并谨慎对待。

最后，如果您对办理流程或政策有任何疑问或需要进一步的帮助，可以随时联系当地的市场监督管理局或相关政府部门进行咨询和确认。他们将会为您提供最准确、最权威的信息和解答。