用人单位一般有权对员工留宿长期外来人员的行为进行处理，但需根据具体情况判断处理的合法性与合理性。具体分析如下：

1. 从公司规章制度角度：

   • 若公司有明确且合法的规章制度，规定员工不得留宿长期外来人员，且该制度已通过民主程序制定、向员工公示或告知，那么员工违反此规定时，公司有权依据制度进行处理，包括警告、罚款（需符合当地工资支付规定）、解除劳动合同（若达到严重违反规章制度程度）等。
   • 若公司无相关制度，或制度未依法制定、公示，则公司以此为由处理员工可能缺乏依据，员工可主张公司行为违法。

2. 从劳动纪律与安全管理角度：

   • 若员工留宿行为影响正常工作秩序（如占用办公区域、干扰他人工作）、违反安全规定（如私拉电线、存放易燃易爆物品），或造成公司财产损失、安全隐患，公司有权要求员工改正，并视情节轻重给予纪律处分。
   • 若留宿行为未影响工作或安全，公司仅以“留宿外来人员”为由处理员工，可能缺乏合理性，员工可提出异议。

3. 从隐私与居住权益角度：

   • 若员工留宿的是亲友，且未影响他人，公司一般无权干涉员工私人生活。但若留宿行为发生在公司提供的宿舍内，公司可能基于宿舍管理需要制定规则（如限制留宿时长、人数），员工需遵守。
   • 若公司以“侵犯其他员工隐私”为由处理留宿员工，需证明留宿行为确实导致隐私泄露或干扰，否则可能构成滥用管理权。

建议：

• 对员工：若收到处理通知，先核对公司制度是否合法、处理是否合理；若认为不公，可与公司协商或申请劳动仲裁。
• 对公司：制定规章制度时需明确留宿行为的禁止情形、处理流程，并确保制度合法有效；处理员工时需留存证据（如影响工作秩序的记录、安全隐患照片等），避免滥用权利。

如有具体案例或制度条款需要分析，可进一步向我说明。