结论：在不同的公司但同一个老板的情况下，部门合并是否能领到赔偿金，这主要取决于部门合并是否构成法律上的“劳动合同变更”或“用人单位主体变更”，以及这种变更是否导致了劳动合同无法继续履行。以下分情况详细说明：
部门合并未导致劳动合同主体变更，且劳动合同能继续履行
- 情况说明：如果部门合并只是公司内部结构的调整，并未改变劳动合同的签订主体（即仍然是与原来的公司签订劳动合同），且合并后的部门仍然能够继续履行原劳动合同中的各项条款（如工作岗位、工作地点、薪资待遇等），那么这种情况下，员工通常无法直接要求赔偿金。
- 法律依据：根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更需要双方协商一致，并采用书面形式。如果部门合并并未导致劳动合同内容的实质性变更，或者变更后双方仍然能够继续履行原合同，则不构成支付赔偿金的条件。
部门合并导致劳动合同主体变更，但员工同意继续履行新合同
- 情况说明：如果部门合并导致了劳动合同主体的变更（例如，从原公司变更为新公司），但员工同意与新公司继续签订劳动合同，并接受新合同中的各项条款，那么这种情况下，员工也无法直接要求原公司支付赔偿金。不过，员工有权要求原公司就劳动合同主体的变更进行协商，并确保新合同中的条款不低于原合同的标准。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第三十四条：“用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。” 如果员工同意与新用人单位继续履行劳动合同，则视为对原劳动合同的承继和认可。
部门合并导致劳动合同无法继续履行，且双方无法就变更劳动合同达成一致
- 情况说明：如果部门合并导致了劳动合同无法继续履行（例如，原工作岗位被撤销、工作地点发生重大变化等），且双方无法就变更劳动合同达成一致意见，那么这种情况下，员工有权要求用人单位支付经济补偿金。经济补偿金的计算标准通常按照员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第四十条：“有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：……（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。” 以及第四十六条：“有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：……（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；……”
建议：
- 在面对部门合并的情况时，员工应首先了解合并的具体情况，包括是否涉及劳动合同主体的变更、劳动合同内容是否会发生实质性变更等。
- 如果合并导致劳动合同无法继续履行或双方无法就变更劳动合同达成一致意见，员工应及时与用人单位进行沟通协商，并保留好相关证据（如劳动合同、工资单、工作证明等）。
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
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