结论前置：换公司抬头但实际控制人是同一个老板，在工伤赔偿等劳动权益方面，原则上不影响赔偿，但具体是否影响需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律关系层面
劳动关系认定：
- 根据《劳动合同法》等相关规定，劳动者与用人单位建立劳动关系，应当签订书面劳动合同，明确双方的权利和义务。若您与新公司（即抬头变更后的公司）签订了新的劳动合同，且新公司具备独立的法人资格，那么从法律形式上看，您是与新公司建立了劳动关系。
- 然而，若新公司只是原公司的关联公司或子公司，且实际控制人相同，但新公司并未与您签订新的劳动合同，或者虽然签订了新合同但原合同关系并未依法解除，那么可能存在劳动关系认定上的争议。不过，在工伤赔偿等劳动权益方面，通常更关注的是实际用工关系和工伤事实，而非单纯的合同形式。
工伤赔偿主体：
- 根据《工伤保险条例》等规定，工伤赔偿的主体是用人单位，即与劳动者建立劳动关系的单位。若您因工作原因受到事故伤害或患职业病，且被认定为工伤，那么赔偿主体应当是您实际工作的单位，即新公司（如果已建立劳动关系）或原公司（如果劳动关系未变更）。
- 在您描述的情况下，由于实际控制人相同，即使公司抬头变更，也不影响赔偿主体的确定。只要能够证明您是在为该公司（无论新旧抬头）工作期间受伤，且符合工伤认定条件，就可以向该公司主张工伤赔偿。
二、实际操作层面
证据收集与保存：
- 在处理工伤赔偿问题时，证据的收集与保存至关重要。您应当收集并保存好与工作相关的证据，如劳动合同、工资单、工作证、考勤记录、工作照片或视频等，以证明您与该公司之间的劳动关系以及工伤事实。
- 若公司抬头变更，您还需要注意收集并保存公司变更的相关证据，如公司变更登记证明、股东信息等，以证明新旧公司之间的关联关系。
协商与调解：
- 在发生工伤后，您可以先尝试与公司进行协商，就赔偿事宜达成一致意见。若协商不成，可以向当地的劳动争议调解组织申请调解。
- 在协商与调解过程中，您可以依据收集到的证据，明确主张自己的权益，要求公司按照相关法律法规的规定进行赔偿。
仲裁与诉讼：
- 若协商与调解均无法解决问题，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁裁决具有法律效力，若公司不履行仲裁裁决，您可以向人民法院提起诉讼。
- 在仲裁与诉讼过程中，您需要提交充分的证据来支持自己的主张，并遵循法律程序进行维权。
三、特殊情况考虑
- 公司恶意逃避责任：若公司通过变更抬头等方式恶意逃避工伤赔偿责任，您可以通过法律途径追究公司的法律责任。在这种情况下，您可能需要寻求专业律师的帮助，以更有效地维护自己的权益。
- 关联交易与利益输送：若公司之间存在关联交易或利益输送等行为，且这些行为影响了您的工伤赔偿权益，您也可以依法主张自己的权益。不过，这需要您提供充分的证据来证明公司之间的关联关系以及这些行为对您的权益造成了损害。
建议：在处理此类问题时，建议您保持冷静，及时收集并保存好相关证据，与公司进行积极沟通协商。若协商不成，可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径来维护自己的合法权益。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。