结论：员工在两个关联公司分别签订劳动合同，离职时赔偿能否合并计算，需根据具体情况判断，一般情况下不能直接合并计算赔偿，但特定关联情形下可能需合并计算工作年限以确定赔偿。以下从不同角度详细分析：

一、一般情况下，赔偿不能直接合并计算

1. 法律主体独立性：

   • 每个公司都是独立的法律主体，具有独立的法人资格。员工与每个公司签订的劳动合同，都是独立的法律关系。
   • 离职时，员工只能根据与每个公司签订的劳动合同，分别向对应的公司主张权利，包括经济补偿或赔偿金。

2. 赔偿计算依据：

   • 经济补偿或赔偿金的计算，通常基于员工在该公司的工资水平、工作年限等因素。
   • 由于员工与两个公司签订的是独立的劳动合同，因此工作年限、工资水平等计算依据也是独立的，不能直接合并。

二、特定关联情形下，可能需合并计算工作年限

1. 关联公司认定：

   • 如果两个公司存在关联关系，如控股关系、母子公司关系等，且在实际操作中存在混同用工、交替用工等情形，可能被认定为关联公司。
   • 在关联公司情形下，员工的工作年限可能被视为连续计算，以确定经济补偿或赔偿金的数额。

2. 合并计算工作年限的法律依据：

   • 根据《劳动合同法实施条例》第十条：“劳动者非因本人原因从原用人单位被安排到新用人单位工作的，劳动者在原用人单位的工作年限合并计算为新用人单位的工作年限。原用人单位已经向劳动者支付经济补偿的，新用人单位在依法解除、终止劳动合同计算支付经济补偿的工作年限时，不再计算劳动者在原用人单位的工作年限。”
   • 如果员工是从一个关联公司被安排到另一个关联公司工作，且非因本人原因，那么工作年限可能合并计算。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 员工需要提供证据证明两个公司存在关联关系，以及自己是被安排从一个公司到另一个公司工作的。
   • 即使工作年限合并计算，经济补偿或赔偿金的计算基数（即员工离职前十二个月的平均工资）仍然是基于员工在最后一个公司的工资水平。但工作年限的增加可能会影响经济补偿或赔偿金的总额。

三、建议与风险提示

1. 保留证据：

   • 员工应保留与两个公司签订的劳动合同、工资单、工作证明等证据，以证明自己的工作年限和工资水平。

2. 咨询专业律师：

   • 由于关联公司认定和工作年限合并计算等问题涉及复杂的法律判断和证据收集，建议员工在离职前咨询专业律师，了解自己的权利和义务。

3. 风险提示：

   • 如果员工无法证明两个公司存在关联关系或自己是被安排工作的，那么可能无法合并计算工作年限，从而影响经济补偿或赔偿金的数额。
   • 员工在离职时，应仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解自己的离职权利和义务，避免因不了解法律而遭受损失。

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