核心结论：员工发现工资被重复发放时，应分情况处理，具体如下：

1. 若重复发放是公司财务失误导致
   根据《民法典》第985条关于“不当得利”的规定，员工有义务返还多收的工资。公司可通过以下方式处理：

   • 协商解决：主动联系员工说明情况，要求返还多余款项（需保留书面沟通记录，如邮件、微信等）；
     
   • 内部处理：若员工配合，公司可直接从下月工资中扣除（需符合《工资支付暂行规定》第16条，即扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准）；
     
   • 法律途径：若员工拒绝返还，公司可凭工资发放记录、银行流水等证据，向法院提起“不当得利返还之诉”。
     

2. 若重复发放是员工故意操作（如伪造签名、篡改数据）
   此时可能涉及《刑法》第266条“诈骗罪”或第271条“职务侵占罪”（若员工利用职务便利）。公司应：

   • 固定证据：立即调取工资审批流程、银行流水、员工操作记录等；
     
   • 报警处理：向公安机关报案，由司法机关追究员工刑事责任；
     
   • 追偿损失：通过民事诉讼要求员工赔偿公司全部损失（包括直接损失和维权成本）。
     

3. 若重复发放涉及第三方支付平台（如代发工资的银行或第三方公司）
   公司需先与支付平台核对原因：

   • 平台系统错误：要求平台立即纠正并返还多余款项，同时保留书面追责权利；
     
   • 平台与员工串通：公司可同时追究平台和员工的连带责任（依据《民法典》第1168条）。
     

温馨提示：

• 对公司而言，建议完善工资发放审核流程（如增加双人复核、员工签字确认环节），避免类似风险；
  
• 对员工而言，若发现工资异常，应第一时间与公司核实，切勿擅自使用多余款项，否则可能承担法律责任。
  

如有进一步细节（如重复发放金额、员工态度、公司内部流程等），可随时补充说明，我会为您细化分析。