离职三年后，一般不能仲裁确认在职的劳动关系，但存在特殊情况。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况下的仲裁时效
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。在劳动关系确认的争议中，通常从劳动关系终止之日起算一年的仲裁时效。因此，在一般情况下，离职三年后已经超过了仲裁时效，无法再通过仲裁确认在职的劳动关系。
二、特殊情况下的时效中断与中止
尽管存在一年的仲裁时效，但法律也规定了时效中断和中止的情形。
时效中断：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条第二款的规定，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。这意味着，如果在离职后的一年内，您曾经向用人单位主张过确认劳动关系的权利，或者向相关部门请求过权利救济，那么仲裁时效可能会从中断之日起重新计算。但您需要提供充分的证据来证明时效的中断，如书面主张权利的证据、相关部门受理的凭证等。
时效中止：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条第三款的规定，因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。这通常适用于因自然灾害、战争等不可抗力因素导致当事人无法及时申请仲裁的情况。但离职三年后，再以时效中止为由申请仲裁确认劳动关系，难度较大，且需要充分的证据支持。
三、实务操作中的建议
收集证据：如果您认为存在时效中断或中止的情形，应尽快收集相关证据，如书面主张权利的证据、相关部门受理的凭证、不可抗力因素的证明等。
咨询专业律师：由于劳动争议案件的复杂性和时效性的严格性，建议您在决定申请仲裁前，先咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况，评估案件的胜诉可能性，并为您提供相应的法律建议。
考虑其他途径：如果仲裁时效确实已经过期，且无法证明时效中断或中止，您还可以考虑通过其他途径解决争议，如与用人单位协商、向劳动监察部门投诉等。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律服务。