结论：已办理离职手续但未结清工资，是否还存在劳动关系，需分情况讨论。一般来说，如果离职手续已办理完毕，且双方无异议，那么劳动关系通常已经终止；但如果存在未结清工资等争议，可能需进一步分析具体情况来确定劳动关系是否仍存续。
分析：
劳动关系终止的一般情况：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者与用人单位解除或终止劳动合同后，劳动关系即告结束。离职手续的办理，通常是劳动关系终止的一个重要标志。这包括工作交接、离职证明开具、社保关系转移等环节。
- 如果离职手续已经办理完毕，且双方对离职无异议，那么可以认为劳动关系已经终止。此时，用人单位应当结清劳动者的工资、奖金等劳动报酬。
未结清工资对劳动关系的影响：
- 工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位有义务按时足额支付。如果离职时未结清工资，这并不意味着劳动关系仍然存续，但确实可能引发劳动争议。
- 在这种情况下，劳动者可以通过法律途径（如劳动仲裁、诉讼等）来追讨未结清的工资。然而，这并不改变劳动关系已经终止的事实，除非双方有特别约定或法律另有规定。
特殊情况下的劳动关系存续：
- 如果离职手续虽然办理，但存在某些特殊情况（如用人单位未出具离职证明、未办理社保关系转移等），且这些情况与未结清工资有关联，那么可能需要进一步分析来确定劳动关系是否仍存续。
- 另外，如果双方在离职协议中有特别约定（如约定在一定期限内支付工资、保留某些权益等），那么这些约定也可能影响劳动关系的存续状态。
建议：
- 对于劳动者而言，如果离职时未结清工资，应当及时与用人单位沟通协商，要求结清工资。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 对于用人单位而言，应当遵守相关法律法规，按时足额支付劳动者的工资。如果因特殊原因无法及时支付，应当与劳动者协商并达成书面协议，明确支付时间和方式等事项。
可能后果：
- 如果劳动者通过法律途径追讨未结清的工资并胜诉，用人单位可能需要承担支付工资、赔偿金等法律责任。
- 如果用人单位未按照法律规定办理离职手续或未结清工资等事项，还可能面临劳动监察部门的处罚或影响企业的信誉和形象。
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