结论：合同中约定了管辖权法院，在符合法律规定的情况下，是可以排除特别管辖的约定的。以下从不同角度进行详细分析：
一、协议管辖的基本原则
根据《中华人民共和国民事诉讼法》（以下简称《民诉法》）的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。这一规定体现了协议管辖的基本原则，即当事人有权在法律允许的范围内，通过书面协议选择管辖法院。
二、协议管辖的效力
有效约定：如果合同中的管辖权约定符合《民诉法》的规定，即选择了与争议有实际联系的地点的人民法院，并且没有违反级别管辖和专属管辖的规定，那么该约定是有效的。在这种情况下，当事人应当按照约定向选定的法院提起诉讼，从而排除了其他法院（包括特别管辖法院）的管辖权。
无效约定：如果合同中的管辖权约定违反了《民诉法》的规定，例如选择了与争议没有实际联系的地点的人民法院，或者违反了级别管辖和专属管辖的规定，那么该约定是无效的。在这种情况下，当事人不能依据无效的约定排除特别管辖的适用，而应当按照法律规定确定管辖法院。
三、特别管辖的适用条件
特别管辖是指根据法律的特别规定，对某些特殊类型的案件确定的管辖。例如，《民诉法》规定，因保险合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者保险标的物所在地人民法院管辖；因票据纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者票据支付地人民法院管辖等。这些规定是法律对特定类型案件管辖权的特别安排，具有强制性。
四、协议管辖与特别管辖的关系
协议管辖优先：在合同纠纷中，如果当事人已经通过书面协议选择了管辖法院，并且该约定符合法律规定，那么应当优先适用协议管辖。这意味着，在这种情况下，特别管辖的规定将被排除适用。
特别管辖的补充性：如果合同中没有约定管辖法院，或者约定的管辖法院不符合法律规定，那么应当适用特别管辖的规定。此外，如果协议管辖的约定被认定为无效，也应当适用特别管辖的规定来确定管辖法院。
五、实际操作建议
明确约定：在签订合同时，当事人应当明确约定管辖法院，并确保该约定符合法律规定。这有助于减少后续诉讼中的管辖争议，提高诉讼效率。
审查约定：在提起诉讼前，当事人应当审查合同中的管辖权约定是否有效。如果发现约定存在无效情形，应当及时调整诉讼策略，按照法律规定确定管辖法院。
咨询专业律师：在涉及复杂合同纠纷或管辖权争议时，建议当事人咨询专业律师以获取更具体的法律建议。作为专业律师，我可以根据具体情况为当事人提供针对性的法律分析和建议。
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