结论概述：员工参与入股后商店倒闭是否有赔偿，需根据具体情况判断，包括入股协议内容、商店倒闭原因及法律关系等。以下从不同角度详细分析。
一、基于入股协议的角度
协议中有明确约定：
- 如果员工入股时签订的协议中明确规定了商店倒闭时的处理方式，比如退还入股资金、给予一定补偿等，那么应当按照协议约定执行。这种情况下，员工有权依据协议要求相应的赔偿或补偿。
协议中无明确约定：
- 若入股协议未对商店倒闭的情况作出明确约定，则需要根据《公司法》及相关法律法规，结合具体情况来判断。一般来说，股东（包括员工股东）在公司倒闭时，其投资可能会面临损失，但并不意味着一定能获得赔偿。
二、基于商店倒闭原因的角度
正常经营亏损倒闭：
- 如果商店是因为正常经营亏损而倒闭，且没有违反法律法规或入股协议的行为，那么员工股东通常需要承担投资风险，即可能无法获得赔偿。在这种情况下，商店的资产将按照法定程序进行清算，用于偿还债务，剩余部分（如果有）将按照股东出资比例分配给股东。
因违法行为倒闭：
- 如果商店是因为违法行为（如欺诈、非法集资等）而倒闭，且员工股东对此不知情或未参与，那么员工股东可能有权向相关责任人（如实际控制人、高管等）追偿。此外，如果员工股东能够证明自己因商店的违法行为而遭受了损失，也可以考虑通过法律途径维护自己的权益。
三、基于法律关系的角度
股东与公司的关系：
- 员工入股后成为公司股东，与公司之间形成的是投资关系。在公司倒闭时，股东通常需要按照出资比例承担公司债务的有限责任（除非有特别约定或法律规定）。因此，员工股东在商店倒闭时，其赔偿请求权可能受到一定限制。
员工与雇主的关系：
- 如果员工在入股的同时仍然是商店的员工，那么员工与商店之间还存在劳动关系。在这种情况下，如果商店倒闭导致员工失业，员工有权依据《劳动合同法》等相关法律法规要求商店支付经济补偿金等。但需要注意的是，这种经济补偿金与入股赔偿是两个不同的法律关系，需要分别处理。
四、建议与措施
审查入股协议：
- 员工在入股前应仔细审查入股协议的内容，特别是关于商店倒闭时的处理方式、退股机制等条款。如果协议中存在不明确或不利于自己的条款，应及时与商店协商修改或补充。
了解商店经营状况：
- 员工在入股后应密切关注商店的经营状况，及时发现并解决问题。如果发现商店存在违法行为或经营不善的情况，应及时采取措施保护自己的权益。
寻求法律帮助：
- 如果员工在商店倒闭后遇到赔偿问题无法解决，可以寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助员工维护自己的合法权益。
总结与启示：员工参与入股后商店倒闭是否有赔偿，需根据入股协议、商店倒闭原因及法律关系等多方面因素综合判断。员工在入股前应充分了解相关风险并签订明确的协议；入股后应密切关注商店经营状况并及时采取措施保护自己的权益；遇到问题时应及时寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。