结论：公司自行制定制度来改变原本按事业编制发放工资的方式是否合理，需分情况讨论，不能一概而论。
分析：
合同与制度的关系：
- 如果您与公司签订的劳动合同中明确规定了工资按照事业编制的标准发放，那么公司单方面改变这一标准，通过自行制定制度来调整工资，可能构成违约。根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同一旦签订，双方应严格履行，任何一方不得擅自变更合同内容。
- 如果劳动合同中没有明确规定工资发放的具体标准，或者合同中留有公司根据经营状况调整工资的余地，那么公司通过制定新制度来调整工资，可能在一定程度上是合法的，但这也需要看新制度是否符合法律法规的规定，以及是否经过了合法的民主程序。
制度的合法性与民主程序：
- 公司制定的制度，特别是涉及员工切身利益的制度，如工资制度，应当经过民主程序制定，并公示或告知员工。如果公司未经民主程序，或者未将制度公示或告知员工，就擅自实施，那么该制度可能因程序违法而无效。
- 制度的合法性还体现在其内容是否违反法律法规的强制性规定。如果公司制定的工资制度低于当地最低工资标准，或者存在其他违法情形，那么该制度也是违法的。
事业编制与工资的关系：
- 事业编制通常与特定的工资体系和福利待遇相关联。如果您原本享受的是事业编制的工资待遇，那么公司单方面改变这一待遇，需要考虑到事业编制的特殊性和稳定性。如果公司没有合理的理由和充分的依据，就擅自改变您的工资待遇，可能损害您的合法权益。
建议：
- 审查劳动合同：首先，您需要仔细审查与公司的劳动合同，看看其中是否有关于工资发放的具体规定。如果合同中有明确规定，且公司违反了合同规定，您可以与公司进行协商，要求公司按照合同履行义务。
- 了解公司制度：其次，您需要了解公司新制定的工资制度的具体内容，以及该制度是否经过了合法的民主程序。如果制度存在违法情形，或者程序不合法，您可以向公司提出异议，并要求公司改正。
- 寻求法律援助：如果与公司协商无果，或者您认为公司的行为已经严重损害了您的合法权益，您可以考虑寻求法律援助。作为专业律师，我可以为您提供法律咨询和代理服务，帮助您维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果公司擅自改变工资制度的行为被认定为违法或违约，公司可能需要承担补发工资、支付经济补偿金等法律责任。
- 如果您因此与公司产生纠纷，并决定通过法律途径解决，那么您需要准备好相关证据，如劳动合同、工资单、公司制度等，以支持您的主张。
总之，公司自行制定制度来改变原本按事业编制发放工资的方式是否合理，需要根据具体情况来判断。如果您对此有疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况为您提供专业的法律意见。