结论是：试用期三个月转正后，如果发现公司在试用期内存在违法行为或侵害了你的合法权益，你仍然可以告公司。以下从不同角度为你详细分析：
一、试用期转正后的法律权益
试用期是劳动合同中的一部分，其目的是让公司和员工相互了解、考察。试用期结束后，如果员工顺利转正，即意味着双方已经建立了正式的劳动关系。但这并不意味着，员工在转正后就失去了对试用期内公司违法行为的追诉权。
二、可以告公司的情形
试用期违法解除劳动合同：
- 如果公司在试用期内无正当理由解除你的劳动合同，或者解除劳动合同的程序不合法，你都有权要求公司继续履行劳动合同或者支付赔偿金。转正后，你仍然可以就这一违法行为向劳动仲裁机构或法院提起诉讼。
试用期未支付劳动报酬或未缴纳社会保险：
- 如果公司在试用期内未按照约定支付你劳动报酬，或者未依法为你缴纳社会保险，这些行为都违反了劳动法的规定。转正后，你仍然可以要求公司补发工资、补缴社会保险，并可能要求公司支付相应的经济补偿。
试用期侵犯其他合法权益：
- 如果公司在试用期内侵犯了你的其他合法权益，如未提供必要的劳动条件、未进行必要的职业培训、未支付加班费等，你同样可以在转正后向劳动仲裁机构或法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
三、举证责任与诉讼时效
- 举证责任：在提起诉讼时，你需要提供足够的证据来证明公司在试用期内存在违法行为或侵害了你的合法权益。这可能包括劳动合同、工资单、社保缴纳记录、工作记录、同事证言等。
- 诉讼时效：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，如果你在转正后才发现公司在试用期内存在违法行为，你仍然可以在一年内提起仲裁或诉讼。
四、建议与行动
- 收集证据：如果你发现公司在试用期内存在违法行为或侵害了你的合法权益，首先应该收集相关证据，以便在提起诉讼时能够证明自己的主张。
- 咨询律师：在提起诉讼前，建议你咨询专业律师，了解自己的法律权益和诉讼风险，以便做出更明智的决策。
- 提起诉讼：如果你决定提起诉讼，可以向当地的劳动仲裁机构或法院提交仲裁申请或起诉状，并按照法定程序进行诉讼。
如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供详细的法律建议。