结论：配合公司过年加班，部门之间补助不一样，这一行为是否违法不能一概而论，需要结合具体情况来判断。
分析角度一：公司内部规章制度
若公司规章制度明确规定了加班补助的标准，且该标准适用于所有部门：
- 在这种情况下，如果部门之间的补助不一样，就违反了公司内部的规章制度。员工有权依据规章制度要求公司按照统一标准支付加班补助。
- 法律依据：虽然直接的法律法规可能并未明确规定部门间加班补助必须一致，但公司规章制度作为劳动合同的一部分，对员工和公司均具有约束力。公司违反规章制度，员工可以依据《劳动合同法》的相关规定，要求公司承担相应的法律责任。
若公司规章制度未明确规定加班补助的标准，或者规定了不同部门有不同的补助标准：
- 在这种情况下，部门之间补助不一样可能并不违法。因为公司有权根据自身的经营状况和部门特点，制定不同的加班补助政策。
- 建议：即使公司规章制度允许部门间补助不同，公司也应确保这种差异是合理的，且没有违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准、加班工资支付规定等。
分析角度二：法律法规的强制性规定
加班工资支付规定：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，员工加班的，公司应按照不低于员工本人工资的一定比例支付加班工资。这是法律法规的强制性规定，公司必须遵守。
- 若部门间补助的差异导致某些员工的加班工资低于法定标准：则这种差异是违法的，员工有权要求公司按照法定标准支付加班工资。
平等对待原则：
- 法律法规要求公司在对待员工时，应遵循平等对待的原则。如果部门间补助的差异是基于不合理的因素，如性别、年龄、种族、宗教信仰等，则这种差异可能构成歧视，是违法的。
- 建议：公司应确保加班补助政策的制定和实施过程中，遵循平等对待的原则，避免任何形式的歧视。
分析角度三：实际操作中的合理性
- 即使公司规章制度和法律法规没有明确规定部门间加班补助必须一致，公司在实际操作中也应考虑补助政策的合理性。
- 例如：如果某个部门因为工作性质或工作量的原因，确实需要更多的加班补助，公司可以在与员工协商一致的基础上，给予该部门更高的补助。但这种差异应基于合理的理由，且应公开透明，避免引起员工之间的不满和纠纷。
总结与建议：
- 配合公司过年加班时，部门之间补助不一样是否违法，取决于公司规章制度、法律法规的强制性规定以及实际操作中的合理性。
- 建议：员工在遇到这种情况时，可以先查阅公司的规章制度，了解加班补助的相关规定。如果认为公司的补助政策存在违法或不合理之处，可以与公司进行协商，要求公司按照法律法规和规章制度的规定支付加班补助。如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况，为你提供更详细的法律建议。