结论：工程总包私下与不是实际施工人签合同是否违法，需结合具体情况判断，主要看该行为是否违反了法律法规的强制性规定或损害了他人合法权益。以下从不同角度进行分析：
一、合同效力角度
若合同内容合法且双方意思表示真实：
- 即使签订合同的一方并非实际施工人，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且双方意思表示真实，该合同在法律上可能是有效的。但这种情况可能引发后续纠纷，如实际施工人主张权益时，总包方可能面临合同相对性原则的挑战，即需要证明与实际施工人之间无直接合同关系，从而可能增加诉讼风险和成本。
若合同内容违法或存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果合同内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者签订合同的过程中存在欺诈、胁迫等情形，那么该合同可能是无效的。在这种情况下，总包方不仅可能面临合同无效的法律后果，还可能因违法行为受到行政处罚或刑事处罚。
二、实际施工人权益保护角度
实际施工人可能主张权益：
- 实际施工人作为工程建设的直接参与者，其权益应受到法律保护。如果总包方私下与不是实际施工人签订合同，可能损害实际施工人的合法权益，如工程款支付、质量保证等。实际施工人可能因此向总包方主张权益，甚至提起诉讼。
总包方可能面临连带责任：
- 在某些情况下，如果总包方明知或应知签订合同的一方并非实际施工人，但仍与其签订合同，并因此给实际施工人造成损失的，总包方可能需要承担连带责任。这取决于具体案件的事实和法律规定。
三、合规建议
严格审查合同主体：
- 总包方在签订合同时，应严格审查合同主体的身份和资质，确保签订合同的一方是实际施工人或具有合法授权的代表。这有助于降低合同风险，避免后续纠纷。
完善合同条款：
- 在合同中明确约定双方的权利和义务，特别是关于工程款支付、质量保证、违约责任等方面的条款。这有助于在发生纠纷时，为双方提供明确的法律依据和解决方案。
加强内部管理：
- 总包方应加强内部管理，建立健全的合同管理制度和流程，确保合同的签订、履行和变更等环节都符合法律法规和公司规定。这有助于降低合规风险，提高公司的管理水平和效率。
总结与进一步思考：工程总包私下与不是实际施工人签合同是否违法，需结合具体情况判断。从合同效力、实际施工人权益保护等角度出发，总包方应严格审查合同主体、完善合同条款、加强内部管理，以降低合同风险和合规风险。如果您在建设工程领域遇到合同纠纷或其他法律问题，欢迎直接向我咨询。