恶意克扣农民工资，若数额达到一定标准并满足“经政府有关部门责令支付仍不支付”的条件，则可能构成拒不支付劳动报酬罪，面临刑事追诉。具体立案标准及分析如下：

一、立案标准

根据相关法律规定及司法解释，恶意拖欠劳动者工资的行为，在数额上达到以下标准时，应当予以立案追诉：

1. 拒不支付一名劳动者三个月以上的劳动报酬，且数额在五千元至二万元以上的；
2. 拒不支付十名以上劳动者的劳动报酬，且数额累计在三万元至十万元以上的。

这些标准是全国性的大致参考范围，但各省、自治区、直辖市高级人民法院可以根据本地区经济社会发展状况，在上述数额幅度内研究确定具体的执行标准，并报最高人民法院备案。因此，实际立案标准可能会因地区差异而有所不同。

二、构成拒不支付劳动报酬罪的条件

除了上述数额标准外，构成拒不支付劳动报酬罪还需满足以下条件：

1. 恶意逃避支付：用人单位以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬，或者有能力支付而不支付。
2. 政府责令支付仍不支付：经政府有关部门责令支付后，用人单位仍然拒绝支付。这是构成此罪的必要条件之一。

三、法律后果与救济途径

1. 刑事处罚：若用人单位或个人构成拒不支付劳动报酬罪，将面临相应的刑事处罚，包括有期徒刑、拘役等。具体刑罚根据欠薪数额、情节严重程度等因素确定。
2. 减轻或免除处罚：若在提起公诉前，用人单位支付了劳动者的劳动报酬，并依法承担了相应赔偿责任，可以减轻或者免除处罚。
3. 行政处罚与民事诉讼：即使未达到刑事立案的标准，恶意欠薪行为也可能面临行政处罚，如罚款等。同时，劳动者还可以通过民事诉讼途径追讨被拖欠的工资，并要求赔偿损失。

四、实际建议

1. 保留证据：劳动者在遭遇恶意克扣工资时，应尽可能保留相关证据，如工资条、劳动合同、工作记录等，以便在后续维权过程中证明自己的权益。
2. 及时投诉：劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，要求政府有关部门责令用人单位支付工资。这是构成拒不支付劳动报酬罪的必要条件之一。
3. 寻求法律援助：若用人单位仍然拒绝支付工资，劳动者可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

总结来说，恶意克扣农民工资的立案标准主要取决于欠薪数额和欠薪人数，同时还需要满足政府责令支付仍不支付的条件。若您或您身边的人遭遇了此类情况，请务必保留好相关证据，并及时寻求法律援助。 有问题可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。