国有企业以改革为由不设总经理助理岗位并降工资，这一行为是否合法，需分情况讨论：

1. 从劳动合同变更的角度分析：

   • 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更应当遵循平等自愿、协商一致的原则，且不得违反法律、行政法规的规定。若国有企业与员工签订的劳动合同中明确约定了总经理助理这一岗位及相应的工资待遇，那么企业单方面取消该岗位并降低工资，就构成了对劳动合同的变更。
   • 若企业未与员工协商一致，就擅自变更劳动合同内容，这一行为是不合法的。员工有权要求企业继续履行原劳动合同，或者要求企业支付因违法变更劳动合同而产生的经济补偿。

2. 从企业改革与岗位调整的角度分析：

   • 国有企业进行改革，包括组织架构调整、岗位设置变更等，是企业自主经营权的一部分。然而，这种自主经营权并非无限制的，它必须在法律、行政法规的框架内行使。
   • 若企业因改革需要取消总经理助理岗位，并计划降低相关员工的工资，应当与员工进行充分沟通，并协商达成一致意见。若员工同意岗位调整和工资降低，双方可以签订变更后的劳动合同或补充协议；若员工不同意，企业则不能单方面实施岗位调整和工资降低。

3. 从工资支付与最低工资保障的角度分析：

   • 即使企业因改革需要调整岗位和工资，也必须确保员工的工资不低于当地的最低工资标准。这是法律对员工基本生活保障的底线要求。
   • 若企业降低后的工资低于最低工资标准，这一行为显然是不合法的。员工有权向劳动监察部门投诉，要求企业补足工资差额，并可能面临相应的法律处罚。

建议与行动指南：

• 对于员工而言：若遇到此类情况，首先应与企业进行沟通协商，了解企业改革的具体内容和岗位调整的原因。若协商无果，可以收集相关证据（如劳动合同、工资条、岗位调整通知等），向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于企业而言：在进行改革和岗位调整时，应充分考虑员工的合法权益和利益诉求，遵循法律、行政法规的规定，与员工进行充分沟通并协商达成一致意见。避免因单方面变更劳动合同内容而引发劳动争议和法律风险。

总结来说，国有企业以改革为由不设总经理助理岗位并降工资，其合法性取决于是否遵循了劳动合同变更的原则、是否与员工进行了充分沟通并协商达成一致意见、以及是否确保了员工的工资不低于最低工资标准。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。