关于公司如何出具一份不认同员工工伤的证明，这实际上并不是一个简单的“出具证明”的过程，而是需要公司依据相关法律法规和事实依据，向社会保险行政部门提出正式的工伤认定异议申请，并等待其作出不予认定工伤的决定。以下是一个详细且合规的流程说明：

一、理解工伤认定流程

首先，公司需要明确工伤认定的基本流程。在员工发生事故伤害或被诊断为职业病后，公司或员工本人（或其近亲属、工会组织）有权向当地的社会保险行政部门提出工伤认定申请。社会保险行政部门会根据提交的材料和调查核实情况，作出是否认定工伤的决定。

二、收集并整理异议依据

如果公司不认同员工的工伤认定申请，需要收集并整理相关的异议依据。这些依据可能包括但不限于：

1. 事故现场的监控录像或照片：用于证明事故发生的具体情况，以及员工是否在工作过程中受伤。
2. 员工的工作记录或考勤记录：用于证明员工在事故发生时是否在工作岗位上，以及是否有违反工作规定的行为。
3. 医疗诊断证明和病历资料：虽然这些通常是支持工伤认定的材料，但公司也可以从中寻找可能不支持工伤认定的线索，如员工受伤部位与事故描述不符等。
4. 其他员工的证言：如果有其他员工目击了事故发生的过程，他们的证言也可以作为异议的依据。

三、向社会保险行政部门提出异议申请

在收集并整理好异议依据后，公司需要向当地的社会保险行政部门提出正式的工伤认定异议申请。申请中应明确说明公司不认同员工工伤认定的理由，并附上相关的异议依据。

四、等待并接受社会保险行政部门的决定

社会保险行政部门在收到公司的异议申请后，会进行进一步的调查核实，并根据相关法律法规和事实依据作出是否认定工伤的决定。如果社会保险行政部门决定不予认定工伤，它会出具一份正式的《不予认定工伤决定书》，并送达给公司和员工（或其近亲属）。

五、注意事项

1. 合规性：公司在整个过程中必须严格遵守相关法律法规，不得采取任何违法或不当手段来阻碍员工的工伤认定申请。
2. 及时性：公司应在知道员工提出工伤认定申请后尽快提出异议申请，以免错过法定的时限。
3. 证据充分性：公司提出的异议依据必须充分、确凿，能够有力地支持其不认同员工工伤认定的立场。

六、示例（非正式证明格式）

虽然公司不能直接“出具”一份不认同员工工伤的“证明”，但可以在向社会保险行政部门提出的异议申请中，以类似以下的方式阐述立场和理由：

“本公司对员工[员工姓名]于[事故日期]提出的工伤认定申请持有异议。经调查核实，本公司认为该员工受伤情形不符合《工伤保险条例》第[具体条款]条第[具体项]项之规定，具体理由如下：[详细阐述异议理由和依据]。因此，本公司请求社会保险行政部门不予认定该员工为工伤。”

总之，公司不认同员工工伤认定并不是通过“出具证明”来实现的，而是需要通过正式的异议申请流程，并等待社会保险行政部门的决定。在整个过程中，公司必须保持合规性、及时性和证据充分性。