结论：超市在员工休早晚班假时是否可以扣工资，需分情况讨论，具体如下：

1. 若休假属于法定带薪休假范畴
   根据《劳动法》及《职工带薪年休假条例》，员工依法享受的带薪年休假、婚丧假、产假等法定假期，用人单位不得以任何理由扣减工资。若超市以“早晚班休假”为由扣减工资，属于违法行为，员工有权要求补发工资并可向劳动监察部门投诉。

2. 若休假属于事假或非法定带薪休假
   根据《工资支付暂行规定》，员工因个人原因申请事假，用人单位可不支付事假期间的工资。但需注意：

   • 程序合法性：超市需有明确的规章制度规定事假扣薪标准，且该制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示；
     
   • 扣薪比例：事假扣薪通常按日工资标准计算，不得超额扣减（如扣发双倍工资等）；
     
   • 特殊情形：若员工因工伤、医疗期等特殊原因休假，即使未提供劳动，用人单位也需按法律规定支付工资或生活费。

3. 若休假与排班制度相关（如调休、补休）
   若超市因业务需要调整员工排班（如将早晚班调整为白班），并通过调休方式安排员工休息，且调休期间工资正常发放，则不涉及扣薪问题。但若超市以“调休”为名变相克扣工资（如未补足工时却扣减工资），则可能构成违法。

建议：

• 员工可先查阅劳动合同及超市规章制度，确认休假性质及扣薪依据；
  
• 若认为扣薪不合理，可与超市协商或向当地劳动仲裁委员会申请仲裁；
  
• 保留考勤记录、工资条等证据，以便维权时使用。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。