结论前置：公司扣留一级水利证是否违法需分情况讨论，具体如下：

1. 若证书属于员工个人所有，公司无权扣留
   根据《劳动合同法》第九条，用人单位招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。一级水利证作为员工的职业资格证书，属于个人财产范畴，公司无权以任何理由（如“保管”“防止流失”等）扣留。若公司强行扣留，员工可向劳动监察部门投诉，或通过劳动仲裁要求返还证书并主张赔偿。

2. 若证书因工作需要由公司保管，需满足法定条件
   若证书系员工为履行职务（如项目负责人需持证上岗）而交由公司保管，需满足以下条件才合法：

   • 双方书面约定：劳动合同或补充协议中明确约定证书保管方式、期限及返还条件；
     
   • 用途合法：公司仅能将证书用于与员工本职工作相关的合法活动（如申报资质、项目备案），不得出租、出借或用于其他营利性目的；
     
   • 及时返还：劳动关系解除后，公司应立即返还证书，不得以“未交接工作”“赔偿损失”等理由拖延。
     若公司违反上述条件，员工可依据《民法典》第二百三十五条（返还原物请求权）要求返还，并可主张因扣留导致的损失（如错过其他就业机会的工资差额）。

3. 特殊情形：证书与公司利益深度绑定时的处理
   若证书系公司出资培训取得（如公司支付考试费用、培训费），双方可约定服务期及违约金。但即使如此，公司仍无权直接扣留证书，而应通过法律途径（如仲裁、诉讼）主张违约金。若公司以扣留证书为手段强迫员工继续工作，可能涉嫌《劳动合同法》第三十八条规定的“强迫劳动”，员工可据此解除劳动合同并主张经济补偿。

行动建议：

• 员工可先与公司协商，要求出具书面扣留理由及返还期限；
  
• 若协商无果，向当地劳动监察大队投诉（电话：12333），或申请劳动仲裁；
  
• 保留证书原件、扣留证据（如聊天记录、录音）及因扣留导致的损失证明（如其他单位录用通知）。
  

如有进一步细节（如证书取得方式、公司扣留理由等），可继续向我咨询，我会结合具体情形为您分析。