结论：公司因员工没有一建证而扣除工资的行为，一般是不合法的，但具体还需根据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。
一、从劳动合同角度分析
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了员工必须持有一建证，并且未持有该证书将作为扣除工资的条件，那么公司扣除工资的行为可能有一定的合同依据。但即便如此，这种约定也可能因违反法律法规的强制性规定而无效。
- 如果劳动合同中没有此类约定，公司则无权仅因员工没有一建证而扣除工资。
合同变更与协商：
- 即使劳动合同中有相关约定，公司也应与员工进行协商，看是否可以通过其他方式（如培训、考证等）来满足持证要求，而不是直接扣除工资。
二、从公司规章制度角度分析
规章制度合法性：
- 公司的规章制度必须符合法律法规的规定，且经过民主程序制定并公示。如果规章制度中规定因员工没有一建证而扣除工资，且该规定违反了法律法规的强制性规定，那么该规定是无效的。
规章制度执行：
- 即使规章制度合法，公司在执行时也应遵循公平、公正的原则，不能随意扣除员工工资。公司应提供充分的证据证明员工未持有一建证对公司造成了实际损失，且该损失与扣除工资之间存在直接因果关系。
三、从相关法律法规角度分析
《劳动法》与《劳动合同法》：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位不得无故克扣或者无故拖欠劳动者的工资。公司因员工没有一建证而扣除工资，除非能证明该行为与员工的工资支付存在直接且合法的关联，否则可能构成违法。
行业规定与资质要求：
- 某些行业或岗位可能确实要求员工持有一建证等特定资质。但即便如此，公司也应通过合法途径（如培训、考证等）来帮助员工满足资质要求，而不是直接扣除工资。
四、建议与措施
与公司协商：
- 员工可以与公司进行协商，了解公司扣除工资的具体原因和依据，并尝试通过协商解决问题。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司支付被扣除的工资，并可能要求公司承担其他法律责任。
寻求法律援助：
- 在整个过程中，员工可以寻求专业律师的法律援助，以确保自己的合法权益得到保护。
总结：公司因员工没有一建证而扣除工资的行为，一般是不合法的。员工应了解自己的劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规，并在必要时通过协商、劳动仲裁或法律援助等途径来维护自己的合法权益。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。