不持证扣工资是否违法，这主要取决于“持证”的具体要求以及扣工资的合法性依据。以下从不同角度进行分析：

1. 如果“持证”是法律、行政法规或国家政策明确规定的：

   • 在这种情况下，如果员工因未持有相关证件而被扣工资，且这种扣减是基于法律、行政法规或国家政策的明确规定，那么这种扣减可能是合法的。但即便如此，用人单位也需确保扣减的工资数额合理，且符合相关法律法规的规定，不能随意扣减或超额扣减。
   • 例子：如某些特殊行业（如驾驶、医疗等）要求员工必须持有相应的职业资格证书才能上岗，如果员工未持有这些证书，用人单位可能会根据内部规章制度或相关法律法规的规定，对员工进行一定的处罚，包括扣减工资。但这种处罚必须合法、合理，且不能违反劳动法的相关规定。

2. 如果“持证”并非法律、行政法规或国家政策明确规定的，而是用人单位自行设定的：

   • 在这种情况下，用人单位以员工未持证为由扣减工资，很可能构成违法。因为用人单位无权自行设定持证要求，并以此作为扣减工资的依据。除非这种持证要求与员工的岗位职责密切相关，且已经通过合法程序（如民主程序）纳入用人单位的规章制度中，并得到了员工的认可。
   • 法律背景：根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。任何克扣或者无故拖欠劳动者工资的行为都是违法的。

3. 关于扣工资的合法性依据：

   • 即使员工确实存在未持证的情况，用人单位扣减工资也必须有合法的依据。这种依据可以是法律、行政法规、国家政策，也可以是用人单位与员工签订的劳动合同或内部规章制度。但无论哪种依据，都必须合法、合理，且不能违反劳动法的相关规定。
   • 建议：如果用人单位认为员工未持证影响了工作或违反了相关规定，可以采取其他合法的处罚措施，如警告、罚款（但罚款数额需合法合理）、解除劳动合同等，而不是直接扣减工资。

总结与建议：

• 如果“持证”是法律、行政法规或国家政策明确规定的，且扣减工资有合法依据，那么这种扣减可能是合法的。
• 如果“持证”并非法律、行政法规或国家政策明确规定的，而是用人单位自行设定的，那么用人单位以员工未持证为由扣减工资很可能构成违法。
• 在任何情况下，用人单位扣减工资都必须有合法的依据，且扣减的数额必须合理。如果员工对扣减工资有异议，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

后续行动建议：

• 如果你作为员工遇到了这种情况，建议先查看自己的劳动合同和用人单位的规章制度，了解扣减工资的具体依据和数额是否合理。
• 如果认为扣减工资不合法或不合理，可以向用人单位提出异议，并要求其提供合法的依据。
• 如果用人单位无法提供合法的依据或拒绝改正，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

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