村委会签个人工资同意用承包费扣款是否合法，需分情况讨论：
若村委会与个人之间存在明确的书面协议，且协议内容合法合规：
- 协议内容合法性：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，用人单位（包括村委会作为集体经济组织或管理单位时）与劳动者（或个人）之间可以就工资支付方式、时间等事项进行约定。若协议中明确约定了可以用承包费扣款作为工资支付的一种方式，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这种约定是合法的。
- 实际操作合规性：除了协议内容合法外，村委会在实际操作中也需要确保扣款程序合规，比如扣款前应通知个人，扣款金额应合理且不超过个人应得的工资总额等。
若村委会与个人之间没有明确的书面协议，或者协议内容违法违规：
- 无协议或协议无效：如果没有书面协议，或者协议内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么村委会单方面决定用承包费扣款作为工资支付方式就是不合法的。
- 个人权益保护：在这种情况下，个人有权拒绝村委会的扣款要求，并可以向相关部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
法律建议：
- 对于村委会：在决定用承包费扣款作为工资支付方式前，应确保与个人之间有明确的书面协议，并且协议内容合法合规。同时，在实际操作中应遵循公平、公正、透明的原则，确保扣款程序合规。
- 对于个人：如果村委会提出用承包费扣款作为工资支付方式，应要求村委会出示书面协议，并仔细阅读协议内容。如果认为协议内容违法违规或不合理，有权拒绝并寻求法律援助。
可能法律后果：
- 若村委会行为合法：则个人应接受扣款安排，否则可能构成违约或违反相关规定。
- 若村委会行为违法：则个人有权拒绝扣款，并可以向相关部门投诉村委会的违法行为。村委会可能面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。
总结：村委会签个人工资同意用承包费扣款是否合法，取决于双方之间是否存在明确的书面协议以及协议内容的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。