村民小组扣土地承包款是否合法，需根据具体情况判断，关键在于是否遵循了相关法律法规、是否经过了合法的民主决策程序，以及是否保障了承包方的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
合法扣款的情况
合同约定：
- 如果土地承包合同中明确约定了村民小组在特定情况下有权扣除承包款（如承包方违约、未按时缴纳承包费等），且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么村民小组扣款的行为是合法的。
民主决策程序：
- 村民小组在扣款前，应召开村民会议或村民代表会议，就扣款事项进行讨论并获得法定人数的同意。这是确保扣款行为合法性的重要前提，体现了民主议定原则。
合法用途：
- 扣除的承包款应明确用于村集体的公共事务和公益事业，如基础设施建设、环境卫生改善等。费用使用需遵循民主决策、财务管理制度和相关法律法规，确保公开透明、合法合规。
不合法扣款的情况
未经合同约定或民主决策：
- 如果土地承包合同中未约定扣款事项，且村民小组未经村民会议或村民代表会议讨论通过，擅自扣除承包款，则违反了民主议定原则和合同约定，该行为可能无效。
扣款标准不合理或滥用资金：
- 扣款标准应公平合理，符合当地同类土地的市场价格或合同约定。若扣款标准过高，或扣除的款项被个人挪用、侵占，损害承包方合法权益，则可能被认定为不合法。
违反法律法规强制性规定：
- 如果扣款行为违反了法律法规的强制性规定（如将扣除的款项用于非农业建设等），则该行为同样是不合法的。
应对措施与建议
对于承包方：
- 如果认为村民小组的扣款行为不合法，应首先与村民小组进行沟通协商，了解扣款的具体原因和依据。
- 若协商无果，可以向村委会或上级政府部门反映情况，请求其介入协调解决。
- 必要时，可以寻求法律援助或提起诉讼，通过法律途径维护自身合法权益。
对于村民小组：
- 在扣款前，应确保合同中有明确约定或经过合法的民主决策程序。
- 扣款标准应公平合理，且扣除的款项应明确用于村集体的公共事务和公益事业。
- 扣款行为应公开透明，接受村民的监督。
总结来说，村民小组扣土地承包款的合法性需根据具体情况判断。在满足合法条件的前提下，扣款行为方为有效；否则，承包方有权采取相应措施维护自身合法权益。如有任何疑问或争议，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。