结论：村民小组长扣留农户土地流转费是否合法，需根据具体情况判断，若扣留行为缺乏合法依据或程序，则通常不合法。以下从不同角度详细分析：
一、合法扣留的情形
基于合同约定或村民会议决议：
- 如果土地流转合同中明确约定了扣留流转费的条件（如农户违反合同约定、未履行相关义务等），且这些条件在合同签订时已得到农户的明确同意，那么村民小组长在符合这些条件的情况下扣留流转费，可能是合法的。
- 另外，如果村民会议或村民代表会议通过了关于扣留流转费的决议，且该决议符合法定程序（如经过三分之二以上成员或代表同意），那么村民小组长执行该决议扣留流转费，也可能是合法的。
用于抵扣农户应承担的费用：
- 如果农户在土地流转过程中应承担某些费用（如土地管理费、税费等），且这些费用在合同或相关法规中有明确规定，那么村民小组长在农户未按时缴纳的情况下，从流转费中抵扣这些费用，可能是合法的。但需注意，抵扣前应告知农户并征得其同意，或按照法定程序进行。
二、不合法扣留的情形
未经农户同意擅自扣留：
- 如果村民小组长未经农户同意，擅自扣留其土地流转费，这通常构成违法行为。因为土地流转费是农户的合法财产，任何组织或个人不得非法侵占或扣留。
扣留行为缺乏合法依据：
- 如果扣留行为没有合同约定、村民会议决议或相关法规作为依据，那么村民小组长的扣留行为就是不合法的。例如，村民小组长以个人名义或未经合法程序决定扣留流转费，就是违法的。
扣留金额超过合理范围：
- 即使扣留行为有合法依据，但如果扣留的金额超过了农户应承担的费用或合同约定的扣留比例，那么超出部分也是不合法的。因为这侵犯了农户的合法权益。
三、法律建议
核查合同和决议：
- 农户应首先核查土地流转合同和村民会议决议，了解扣留流转费的条件和程序。如果发现扣留行为缺乏合法依据或程序，可以向村民小组长提出异议，并要求其立即停止扣留行为。
寻求法律援助：
- 如果农户与村民小组长无法协商解决扣留问题，可以向当地法律援助机构或律师寻求帮助。律师可以协助农户分析合同和决议的合法性，提供法律意见和解决方案。
提起诉讼或申请仲裁：
- 如果扣留行为严重侵犯了农户的合法权益，农户可以向人民法院提起诉讼或申请仲裁机构进行仲裁。通过法律途径维护自己的合法权益。
四、可能的法律后果
返还流转费及赔偿损失：
- 如果村民小组长的扣留行为被认定为违法，那么其可能需要向农户返还被扣留的流转费，并赔偿农户因此遭受的损失（如利息损失、维权费用等）。
承担行政责任或刑事责任：
- 在严重情况下，如果村民小组长的扣留行为构成犯罪（如贪污罪、挪用资金罪等），那么其可能需要承担刑事责任。同时，相关责任人员也可能面临行政处罚或纪律处分。
总结：村民小组长扣留农户土地流转费是否合法，需根据具体情况判断。农户应首先核查合同和决议，了解扣留行为的合法性和程序。如果发现扣留行为缺乏合法依据或程序，可以向村民小组长提出异议，并寻求法律援助或提起诉讼/仲裁来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。