在船上发生的案件处理方式主要取决于案件的性质和具体情况。以下是一些一般性的处理原则和步骤，供您参考：
一、刑事案件处理
报警与立案：
- 如果船上发生刑事案件，如盗窃、抢劫、伤害等，应立即向当地的海事管理机构或公安机关报警。
- 报警后，相关部门会进行立案审查，决定是否正式立案调查。
调查取证：
- 立案后，执法人员会组织调查取证，包括询问当事人、证人，收集物证、书证等。
- 调查过程中，执法人员会保持客观公正，确保证据的合法性和有效性。
审查与决策：
- 调查结束后，相关部门会对案件进行审查，包括违法事实、证据、法律适用等方面。
- 根据审查结果，作出相应的处罚决策，如罚款、拘留、吊销证书等。
执行与送达：
- 作出处罚决定后，会制作行政处罚决定书，并依法送达当事人。
- 当事人应履行处罚决定，如缴纳罚款、接受拘留等。
二、民事纠纷处理
协商与调解：
- 如果船上发生的是民事纠纷，如合同纠纷、财产损害赔偿等，双方可以尝试通过协商或调解解决。
- 协商或调解过程中，可以邀请第三方（如海事管理机构、律师等）作为中立方参与，以促成双方达成和解。
诉讼与仲裁：
- 如果协商或调解无果，双方可以选择通过诉讼或仲裁解决纠纷。
- 诉讼应向有管辖权的海事法院提起，仲裁则应按照双方约定的仲裁条款或仲裁协议进行。
三、特定类型案件处理
船舶碰撞和触碰案件：
- 对于船舶碰撞和触碰案件，根据《最高人民法院关于审理船舶碰撞和触碰案件财产损害赔偿的规定》，请求人可以请求赔偿财产损失、相关费用和损失、合理费用和损失以及预期可得利益的损失。
- 赔偿应尽量达到恢复原状，不能恢复原状的则折价赔偿。具体赔偿项目和计算方式可参照该规定执行。
船员违法行为处理：
- 如果船员利用船舶私载旅客、货物或者携带违禁物品，根据《中华人民共和国船员条例》，海事管理机构可以处以罚款，并可能暂扣或吊销船员服务簿、船员适任证书。
四、通用处理原则
及时报告：
- 无论发生何种类型的案件，都应及时向相关部门报告，以便及时启动处理程序。
保护现场：
- 在案件发生后，应尽可能保护现场，以便执法人员调查取证。
配合调查：
- 当事人和证人应积极配合执法人员的调查工作，提供真实、准确的陈述和证据。
依法处理：
- 所有案件的处理都应依法进行，确保公正、公平、公开。
希望以上信息能对您有所帮助。如果您有更具体的案件情况或疑问，建议咨询专业的法律人士或海事管理机构以获取更准确的指导。