轮渡上发生的行政案件，一般根据案件性质、发生地点及管辖权规定，由相应的行政机关或司法机关依法处理。具体处理方式需结合以下角度分析：

1. 案件性质决定处理机关

• 治安管理类案件（如打架斗殴、扰乱秩序）：
  根据《治安管理处罚法》，由轮渡停靠地或案发地的公安机关管辖。若轮渡处于航行中，可由最先登船的公安机关或轮渡公司所在地公安机关处理。
  示例：乘客在轮渡上发生肢体冲突，船员报警后，由附近海域的公安边防部门或轮渡终点站的派出所受理。

• 交通运输管理类案件（如超载、违规航行）：
  由海事管理机构或交通运输主管部门管辖。若涉及轮渡公司违规，可能同时触发行政处罚（如罚款、停业整顿）。
  示例：轮渡超载导致安全隐患，海事部门可对船长或航运公司作出行政处罚。

• 海关/边检类案件（如走私、非法出入境）：
  在轮渡停靠国际港口时，由海关或出入境边防检查机关管辖。
  示例：乘客携带违禁品入境，海关有权扣押物品并立案调查。

2. 管辖权冲突的解决原则

• 属地管辖优先：若轮渡停靠某地港口，当地公安机关或海事部门通常具有管辖权。
  
• 航行中案件的特殊规则：根据《公安机关办理行政案件程序规定》，航行中的船舶内发生的行政案件，由船舶最初停靠的港口所在地公安机关管辖；若未停靠，由船籍港所在地公安机关管辖。
  
• 指定管辖：若多部门对管辖权有争议，可由共同上级机关指定处理。

3. 处理流程

• 现场处置：船员或乘客报警后，执法人员登船调查，固定证据（如监控录像、证人证言）。
  
• 立案审查：符合立案条件的，行政机关出具《受案回执》，并在法定期限内调查完毕。
  
• 处罚决定：根据调查结果，作出警告、罚款、没收违法所得、行政拘留等处罚。
  
• 救济途径：当事人对处罚不服的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

4. 轮渡公司的配合义务

• 轮渡公司需协助执法人员调查，提供监控、航行日志等证据。
  
• 若因公司管理疏漏导致案件发生（如未安检导致危险品上船），可能面临连带责任。

温馨提示：若您遇到轮渡上的行政案件（如被处罚或权益受损），可直接向我咨询具体处理方案。我会结合案件细节，为您分析管辖机关、程序合法性及维权策略。