当船舶发生治安案件时，处理流程通常遵循一系列严谨的法律和行政程序，以确保案件得到公正、有效的处理。以下是一个详细的处理流程：

一、受案

1. 管辖确定：行政案件一般由违法行为地的公安机关管辖。若多个公安机关都有权管辖，则由最初受理的公安机关负责；必要时，也可由主要违法行为地公安机关管辖。对于管辖权有争议的，需报请共同的上级公安机关指定管辖。
2. 案件受理：公安机关在接到报案、控告、举报、群众扭送或违法嫌疑人投案，以及其他行政主管部门、司法机关移送的案件后，应及时受理，并制作受案登记表。若案件暂时无法确定为刑事案件或行政案件，可先按行政案件程序办理，过程中若认为涉嫌构成犯罪，则按刑事案件程序处理。

二、调查

1. 证据收集：公安机关需合法、及时、客观、全面地收集、调取证据材料，并进行审查、核实。这包括制作现场笔录，确保与案件有直接利害关系的人员回避，以及在调查取证时，人民警察不得少于二人，并表明执法身份。
2. 强制措施：在办理行政案件时，公安机关可依法采取行政强制措施，同时需防止泄露工作秘密。

三、审查

公安法制部门将在规定的案件审核范围内，对立案、管辖的合法性，事实的清楚性，证据的确实、充分与合法性，定性的准确性，处理意见的适当性，适用法律的正确性，程序的合法性，以及法律文书的规范与完备性等事项进行审核，并提出审核意见，报本级公安机关领导决定。若主要证据不足，将报经本级公安机关主管领导批准后退回办案部门补充调查。

四、告知

在作出行政处罚决定前，公安机关需告知违法嫌疑人拟作出行政处罚决定的事实、理由及依据，并告知其依法享有的陈述权和申辩权。对于适用听证程序的行政案件，还需告知违法嫌疑人拟作出的行政处罚和有要求举行听证的权利。

五、决定

公安机关将作出处罚决定，并制作行政处罚决定书，其中需载明行政处罚告知、当事人陈述申辩或听证情况等内容。

六、送达

法律文书的送达需遵守相关规定。若依照简易程序作出当场处罚决定，应将决定书当场交付被处罚人，并由其签名或捺指印；若作出其他行政处罚决定或行政处理决定，应在宣告后当场交付被处理人，并由其签名或捺指印作为送达证明。若无法直接送达，可委托其他公安机关代为送达或邮寄送达；经采取上述方式仍无法送达的，可公告送达。

七、执行

公安机关依法作出行政处理决定后，被处理人需在行政处理决定的期限内履行。若逾期不履行，作出行政处理决定的公安机关可依法强制执行或申请人民法院强制执行。

八、特定治安案件的处罚

对于船舶擅自进入、停靠国家禁止、限制进入的水域或岛屿等特定治安案件，根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，对船舶负责人及有关责任人员可处五百元以上一千元以下罚款；情节严重的，还可处五日以下拘留，并处五百元以上一千元以下罚款。

综上所述，船舶发生治安案件时，公安机关将遵循一系列严格的法律和行政程序进行处理，以确保案件的公正性和有效性。