针对您提出的“非法营运船舶怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
非法营运船舶，通常指的是未取得合法营运证件或违反相关规定进行水路运输经营的船舶。这类船舶的存在，不仅扰乱了正常的水路运输市场秩序，还可能对水域生态环境和人民生命财产安全构成威胁。因此，对于非法营运船舶的处理，相关法律法规有着明确的规定和严厉的处罚措施。
一、处理依据
处理非法营运船舶的主要依据包括《国内水路运输管理条例》、《中华人民共和国内河交通安全管理条例》等相关法律法规。这些法规明确规定了从事水路运输经营必须取得的证件和条件，以及违反规定所应承担的法律责任。
二、处理措施
行政处罚：
- 对于非法营运的船舶，交通执法部门有权依法给予没收非法所得、罚款等行政处罚。例如，某水运公司因船舶在注销营运证后仍从事水路运输经营，被执法部门依法给予了没收非法所得并处罚款的处罚。
取缔“三无”船舶：
- “三无”船舶（无船名船号、无船籍港、无船舶证书）是非法营运船舶的一种典型形式。根据相关通告，这类船舶在长江江苏段等水域是被依法取缔的。一旦发现，将依法统一拆解处置，由此造成的损失由船舶所有人自行承担。
从严打击水上物流违法犯罪：
- 除了行政处罚外，对于涉及水上物流的违法犯罪行为，如盗窃、侵占、诈骗等，公安部门将依法追究刑事责任。这进一步加大了对非法营运船舶的打击力度。
三、建议与预防
合法经营：
- 船舶所有人和经营人应严格遵守相关法律法规，确保船舶具备合法的营运证件和条件。只有合法经营，才能避免不必要的法律风险和经济损失。
加强监管：
- 交通、海事等主管部门应加强对水路运输市场的监管力度，定期开展执法检查，及时发现并处理非法营运船舶。同时，鼓励公众积极参与监督，提供非法经营、作业等行为的线索。
提高法律意识：
- 船舶所有人、经营人以及船员应增强法律意识，了解并遵守相关法律法规。通过培训、宣传等方式，提高他们对非法营运行为危害性的认识，从而自觉抵制非法营运行为。
综上所述，对于非法营运船舶的处理是严厉而明确的。相关法律法规不仅规定了具体的处罚措施，还强调了合法经营和加强监管的重要性。希望这些解答能够帮助您更好地了解非法营运船舶的处理方式和相关法律法规。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。