渔船非法营运的处罚需根据具体违法情形，结合《中华人民共和国渔业法》《中华人民共和国海上交通安全法》《中华人民共和国行政处罚法》及相关地方性法规综合判定，常见处罚方式如下：

1. 行政处罚（核心处罚方式）

• 罚款：根据违法情节轻重，罚款金额通常为数千元至数十万元不等。例如：
  • 若渔船未取得捕捞许可证擅自作业，可能面临10万元以下罚款（《渔业法》第三十八条）；
  • 若非法载客营运，可能按载客人数或营运收入倍数罚款（《海上交通安全法》第九十二条）；
  • 若使用禁用渔具或方法非法捕捞，罚款可能高达20万元以下（《渔业法》第三十八条）。
• 没收违法所得：若渔船通过非法营运获取收益，执法部门可依法没收全部违法所得。
• 暂扣或吊销证件：包括渔业捕捞许可证、船舶检验证书、船员适任证书等，情节严重者可能被吊销许可证（《渔业法》第四十三条）。
• 扣押或没收渔船：对严重违法或拒不整改的渔船，可能被强制扣押甚至没收（《渔业法》第三十八条）。

2. 刑事处罚（构成犯罪时）

• 非法捕捞水产品罪：若渔船在禁渔区、禁渔期或使用禁用工具非法捕捞，情节严重的（如捕捞价值超1万元或破坏生态），可能被追究刑事责任，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或罚金（《刑法》第三百四十条）。
• 危险作业罪：若渔船非法载客且存在重大安全隐患（如超载、无救生设备），可能构成危险作业罪，处一年以下有期徒刑、拘役或管制（《刑法》第一百三十四条之一）。
• 其他罪名：若非法营运涉及走私、偷渡等行为，可能触犯其他刑事罪名，处罚更严厉。

3. 其他处罚措施

• 责令整改：要求渔船停止非法行为，限期整改（如补办证件、修复生态）。
• 列入黑名单：部分地区会将严重违法渔船纳入信用黑名单，影响后续补贴、贷款等权益。
• 行政拘留：若非法营运行为违反《治安管理处罚法》（如阻碍执法），可能被处5-15日拘留。

关键影响因素

• 违法情节轻重：如非法营运次数、获利金额、是否造成事故或生态破坏。
• 主观恶意程度：是否明知故犯、拒不整改或逃避监管。
• 地区差异：不同省份可能制定更严格的地方性法规（如浙江省对非法捕捞的罚款上限可能更高）。

建议：若您或他人涉及渔船非法营运问题，需尽快委托律师分析具体情节，评估处罚风险，并协助准备陈述申辩材料或申请听证，以最大限度维护合法权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律应对方案。