针对您提出的“远洋捕捞案件怎么处理”的问题，这实际上涉及两个不同层面的含义：一是广义上指异地逐利性执法对企业的侵害及处理，二是狭义上指远洋渔业企业及渔船的违法违规行为及处理。我将分别就这两个层面进行详细解答。
一、异地逐利性执法（广义“远洋捕捞”）的处理
近期，异地逐利性执法，特别是针对民营企业家的“远洋捕捞”行为，引发了社会广泛关注。这种行为严重侵犯了民营企业家的合法权益，破坏了营商环境，损害了法治权威。针对这一问题，处理方式主要包括以下几个方面：
强化异地执法的程序限制：
- 公安部已出台相关制度，如《公安机关异地办案协作“六个严禁”》，明确规定异地执法必须履行协作手续，不得擅自跨县及以上行政区域执行传唤、拘传、拘留、逮捕等。
- 实行“双主体执法”程序，即异地执行侦查活动必须向当地公安机关提出协作请求，并在其协助下进行，或委托当地公安机关代为开展。
推动罚没财物统一入中央国库：
- 切断执法权与获利性的联系，防止执法者成为获利者。目前，罚没收入主要归地方国库，这在一定程度上激励了异地逐利性执法。
- 建议罚没收入统一进入中央国库，由中央统一管理，确保执法活动的公正性。
强化司法权的中央领导：
- 防范司法权的地方化，确保司法权服务于国家营商环境一盘棋的大局。
- 推动司法体制改革，使司法机关的人财物都由中央统一管理，减少地方政府对司法权的干预。
二、远洋渔业企业及渔船违法违规行为（狭义“远洋捕捞”）的处理
对于远洋渔业企业及渔船的违法违规行为，相关部门会依据法律法规进行调查核实，并作出相应处理。以下是一些具体案例及处理方式：
擅自转移渔场和船位监测设备：
- 如长海县獐子岛益丰水产有限公司所属渔船擅自赴冈比亚海域生产，并转移船位监测设备。
- 处理方式包括取消远洋渔业项目、暂停企业资格、扣除油补、列入从业人员“黑名单”等。
未经注册违规捕捞：
- 如部分渔船未经注册在东南太平洋公海从事捕捞生产。
- 处理方式包括警告、扣除油补、对涉事船长予以处罚等。
在秘鲁海域从事非法捕捞：
- 如舟山中巨远洋渔业有限公司所属渔船以低于秘鲁规定的最低航速进入秘管辖海域，涉嫌从事非法捕捞。
- 经调查未从事非法捕捞生产的，予以警告处理。
违反无害通过规定：
- 如浙江鑫隆远洋渔业有限公司所属渔船在途经法属波利尼西亚海域时，涉嫌违反无害通过等有关规定。
- 经调查为误会或非故意行为的，予以警告处理，并向法方反馈调查结果。
总结
对于广义上的“远洋捕捞”即异地逐利性执法，应通过强化程序限制、推动罚没财物统一管理、强化司法权中央领导等措施来根除；对于狭义上的远洋渔业企业及渔船的违法违规行为，则应依据相关法律法规进行调查核实，并作出相应处理，以维护渔业秩序和营商环境。希望这些解答能对您有所帮助。