在船上发现偷渡者，处理方式需结合国际法、国内法及船旗国法律综合判断，具体处理流程如下：

1. 立即隔离与保护现场
   船长或船员发现偷渡者后，应第一时间将其与其他人员隔离，避免发生冲突或逃逸。同时保护现场证据（如偷渡者藏匿位置、携带物品等），为后续调查提供依据。

2. 报告相关当局
   根据《联合国海洋法公约》第98条及各国国内法（如中国《出境入境管理法》），船长有义务立即向最近沿海国或船旗国的海事部门、边防机构报告偷渡情况。若船舶在公海，通常需联系船旗国；若靠近某国领海，则需联系该国当局。

3. 配合调查与移交

• 调查阶段：当局登船后，船长及船员需配合询问，提供偷渡者发现经过、船舶航行记录等证据。
  
• 移交程序：偷渡者通常会被移交至接收国（如最近沿海国或目的地国），由其根据国内法处理（如拘留、遣返或起诉）。船方需确保移交过程合法，避免被指控“协助偷渡”。

1. 船方责任与免责
   

• 无故意行为时免责：若船方能证明对偷渡行为不知情（如偷渡者藏匿于集装箱等隐蔽位置），通常无需承担法律责任。
  
• 未履行报告义务的后果：若船长未及时报告，可能面临罚款、船舶滞留甚至刑事责任（如协助偷渡罪）。

1. 后续处理建议
   

• 完善安保措施：加强船舶登轮检查、监控设备使用，防止偷渡者藏匿。
  
• 培训船员：定期组织反偷渡培训，明确发现偷渡者后的处理流程。
  
• 保留证据：记录偷渡者信息、船舶航行轨迹等，以备后续法律程序使用。

特殊情形提示：

• 若偷渡者涉及恐怖主义、跨国犯罪等，需立即联系国际刑警组织或相关国家安全部门。
  
• 若船舶在战乱地区或疫情高发区，需配合当地卫生或安全部门进行额外检查。

如有具体案件细节（如船舶国籍、偷渡者数量、发现地点等），可进一步分析法律适用及风险防范措施。