结论：项目经理用包工头的车付租金是否违规，不能一概而论，需要结合具体情况来判断，包括车辆所有权归属、租金支付方式、是否存在利益输送或违反公司规定等情形。以下从不同角度进行分析：
车辆所有权与租金支付主体
- 如果车辆确实属于包工头个人所有，且项目经理支付租金的行为是基于双方之间的租赁协议，且租金支付方式合法合规（如通过公司账户转账、有正规租赁合同等），那么这种行为本身并不违规。但需要注意的是，项目经理作为公司员工，其支付租金的行为应当符合公司的财务管理规定，不得擅自使用公司资金或违反公司报销流程。
- 如果车辆虽然登记在包工头名下，但实际上属于公司资产或与公司有某种关联（如包工头是公司关联方），那么项目经理用包工头的车付租金就可能涉及利益输送或违反公司规定，从而构成违规。
租金支付方式与合规性
- 租金支付方式应当合法合规，避免使用现金交易等难以追踪的方式，以减少违规风险。如果项目经理通过个人账户支付租金，且没有合理的解释和证明，就可能引发对公司资金使用的质疑，甚至构成挪用资金等违法行为。
- 正规的租金支付应当有明确的租赁合同作为依据，合同中应明确租赁期限、租金金额、支付方式等关键条款。如果缺乏这样的合同或合同条款不明确，就可能给双方带来纠纷，也可能使项目经理的行为显得不合规。
公司规定与内部管理
- 不同公司对于员工使用外部资源（如租赁车辆）的规定可能不同。有些公司可能明确禁止员工私自租赁外部车辆用于公司业务，或者要求员工在使用外部资源前必须获得公司批准。如果项目经理的行为违反了这些规定，就可能构成违规。
- 即使公司没有明确规定，项目经理作为公司员工，也应当遵循公司的基本管理原则和职业道德规范，不得利用职务之便谋取私利或损害公司利益。
潜在的法律后果
- 如果项目经理的行为被认定为违规，可能面临公司内部的纪律处分，如警告、罚款、降职甚至解雇等。
- 在更严重的情况下，如果项目经理的行为涉嫌违法（如挪用资金、贪污受贿等），还可能面临刑事责任的追究。
建议：
- 对于项目经理而言，应当严格遵守公司的财务管理规定和内部管理原则，避免擅自使用公司资金或违反公司报销流程。如果需要租赁外部车辆用于公司业务，应当事先获得公司批准，并签订正规的租赁合同。
- 对于公司而言，应当建立健全的财务管理制度和内部管理机制，明确员工在使用外部资源时的权限和流程，以减少违规风险。同时，公司也应当加强对员工的培训和教育，提高员工的法律意识和职业道德水平。
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