结论：工程中甲方长期开乙方的车，是否违法需视具体情况而定，可能涉及侵权责任、合同违约或无权处分等问题。
一、从侵权责任角度分析
未经允许使用车辆：
- 若甲方未经乙方明确允许，擅自长期使用乙方的车辆，这可能构成对乙方财产权的侵犯。根据《中华人民共和国民法典》中关于物权保护的规定，乙方有权要求甲方停止侵害、返还车辆，并可能要求赔偿损失。
使用过程中造成损害：
- 如果甲方在使用车辆过程中因过错导致车辆损坏或发生交通事故，甲方可能需要承担相应的赔偿责任。这包括但不限于车辆维修费用、第三方损失赔偿等。
二、从合同关系角度分析
存在租赁或借用合同：
- 如果甲乙双方之间存在关于车辆使用的租赁或借用合同，且合同中明确规定了使用期限、费用、责任等条款，那么甲方长期使用车辆的行为是否违法将取决于合同的具体约定。若甲方违反合同约定，乙方有权依据合同要求甲方承担违约责任。
无明确合同约定：
- 若双方之间没有明确的合同约定，甲方长期使用车辆的行为可能构成不当得利或无权占有。乙方有权要求甲方返还车辆，并可能要求赔偿因甲方使用车辆而造成的损失。
三、从无权处分角度分析
- 若甲方将车辆出售或抵押：
- 如果甲方在未经乙方同意的情况下，擅自将乙方的车辆出售或抵押给第三方，这可能构成无权处分。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无权处分人处分他人财产的，除非相对人善意取得或经权利人追认，否则该处分行为无效。乙方有权要求返还车辆或赔偿损失。
四、建议与措施
明确合同约定：
- 为避免纠纷，甲乙双方应在工程开始前就车辆的使用问题达成明确协议，包括使用期限、费用、责任等条款。
保留证据：
- 乙方应保留车辆的所有权证明、使用记录、维修记录等证据，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
及时沟通与协商：
- 若发现甲方未经允许长期使用车辆，乙方应及时与甲方沟通，要求其停止使用并返还车辆。若沟通无果，可考虑通过法律途径解决。
寻求法律帮助：
- 若纠纷复杂或涉及金额较大，乙方可寻求专业律师的帮助，通过法律手段维护自己的权益。
总结：工程中甲方长期开乙方的车是否违法，需根据具体情况判断。为避免纠纷，建议甲乙双方在工程开始前就车辆的使用问题达成明确协议，并保留相关证据。若发生纠纷，应及时沟通与协商，必要时寻求法律帮助。如有任何法律问题，可直接向我咨询。