结论：事业单位员工自动离职后与单位协商改为辞职，在法律上是可行的，但具体操作和后果需根据实际情况和双方协商结果来确定。

分析说明：

1. 自动离职与辞职的法律区别：

   • 自动离职：通常指员工未经单位同意，擅自离开工作岗位，不再履行劳动合同约定的义务。这种行为可能违反劳动合同的约定，单位有权根据内部规章制度或劳动合同的约定进行处理，如扣除工资、解除劳动合同等。
   • 辞职：是员工主动提出解除劳动合同的行为，通常需要提前通知单位，并按照单位的规定办理离职手续。辞职是员工的一项权利，但也需要遵守一定的程序和规定。

2. 协商改为辞职的可行性：

   • 在自动离职后，如果员工希望与单位协商改为辞职，这本质上是一个双方重新协商解除劳动合同的过程。只要双方能够达成一致意见，并签订书面的解除劳动合同协议，这种改变是合法的。
   • 协商过程中，员工和单位可以就离职时间、工资结算、经济补偿等事项进行协商，并达成共识。

3. 可能涉及的法律后果：

   • 如果协商成功并签订了书面的解除劳动合同协议，那么双方的权利义务将按照协议的约定来履行。员工将不再承担自动离职可能带来的法律责任，如单位可能提出的违约赔偿等。
   • 如果协商不成，或者单位不同意员工改为辞职的请求，那么员工可能需要继续承担自动离职的法律后果，包括可能面临的单位处罚、工资扣除等。

4. 操作建议：

   • 在与单位协商改为辞职前，员工应仔细阅读劳动合同和单位的规章制度，了解自动离职和辞职的相关规定和后果。
   • 协商过程中，员工应保持冷静和理性，与单位进行友好沟通，尽量达成双方都能接受的解决方案。
   • 如果协商成功，务必要求单位出具书面的解除劳动合同协议，并妥善保管，以备不时之需。

后续行动建议：

• 如果您已经自动离职并希望与单位协商改为辞职，建议您尽快与单位取得联系，表达您的意愿，并了解单位的态度和要求。
• 在协商过程中，如有需要，您可以寻求我的法律帮助，我可以根据您的具体情况提供更详细的法律建议和指导。

特殊场景提醒：

• 如果您在自动离职前已经与单位存在劳动争议或纠纷，那么在协商改为辞职时，应特别注意处理这些争议或纠纷，避免留下法律隐患。
• 如果您在自动离职后已经收到了单位的处罚通知或解除劳动合同通知，那么在协商改为辞职时，应仔细审查这些通知的内容，并考虑是否需要提出异议或申诉。

如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。