根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位发现劳动者隐瞒严重疾病入职的，可分以下情况处理：

1. 试用期内的处理
   若劳动者处于试用期，且隐瞒的疾病属于“不符合录用条件”的情形（如岗位明确要求无传染性疾病，而劳动者隐瞒乙肝等），用人单位可依据《劳动合同法》第39条，无需支付经济补偿即可解除劳动合同。
   关键点：需在试用期内完成解除，且需证明疾病与录用条件直接相关（如通过入职体检报告、岗位健康要求等证据）。

2. 试用期满后的处理
   若劳动者已转正，用人单位需证明该疾病影响劳动合同履行（如疾病导致无法胜任工作、存在安全隐患等），方可依据《劳动合同法》第40条解除合同，但需提前30日书面通知或支付代通知金，并支付经济补偿（N个月工资）。
   例外情形：若疾病属于《职业病防治法》规定的职业病，或用人单位未履行入职体检义务，可能被认定为违法解除，需支付赔偿金（2N个月工资）。

3. 医疗期内的特殊保护
   若劳动者在医疗期内（根据工龄享受3-24个月不等），即使隐瞒疾病，用人单位也不得依据《劳动合同法》第40、41条解除合同，否则构成违法解除。但若疾病被认定为“欺诈入职”（如伪造体检报告），可能不受医疗期保护。

实务建议：

• 用人单位：应在招聘时明确健康要求，入职前安排体检并留存证据；发现隐瞒后，及时固定证据（如医疗证明、沟通记录）并咨询律师处理。
  
• 劳动者：若因疾病被解雇，可核查用人单位解除程序是否合法（如是否履行通知义务、是否支付补偿），必要时申请劳动仲裁维护权益。
  

如有具体案件细节（如疾病类型、入职时间等），可进一步向我咨询，我会结合证据为您分析风险点。