建设工程施工合同无效时，结算和清理条款的效力需根据具体情况分析。一般而言，工程价款结算条款、质量保修条款以及争议解决条款中的部分内容在特定条件下仍有效；而清理条款中涉及违约金、赔偿金等第二性义务的部分则通常认定为无效。独立的结算协议或清理协议一般有效。以下是对这一结论的详细分析：
一、结算条款的效力
工程价款结算条款：
- 在合同无效的情况下，虽然原则上合同中的相关条款均归于无效，但考虑到建设工程的特殊性质，若建设工程经验收合格，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。这是基于建设工程的劳务成果无法“返还原物、恢复原状”，必须对已完成的工程量进行结算的实际需要。例如，合同中约定的固定总价、固定单价或可调价格等方式计算工程价款的条款，在工程质量合格的情况下，仍可参照执行。
工程价款支付时间和支付方式条款：
- 这些条款明确了发包人支付工程折价补偿款的具体要求和流程，在工程质量合格的情况下，对双方结算具有参考意义。它们有助于确保承包人能够及时获得应得的补偿款，维护其合法权益。
二、清理条款的效力
涉及工程价款支付、结算的清理条款：
- 如前所述，这类条款在工程质量合格的情况下，可以参照合同约定进行处理。它们与结算条款紧密相关，共同构成了对建设工程价款结算和清理的完整框架。
涉及违约金、赔偿金等其他事项的清理条款：
- 这些条款并非合同的主要义务，而是基于合同有效的基础上产生的第二性义务。因此，在建设工程施工合同无效的情况下，这些条款通常应认定为无效。例如，合同中约定的逾期付款违约金、质量不合格赔偿金等，在合同无效后将不再适用。
三、质量保修条款的效力
- 质量保修条款规定了承包人对工程质量的保修责任。即便施工合同无效，承包人仍需按照相关法律法规和行业标准对建设工程在合理使用寿命内的工程质量负责。这一条款的有效有助于保障建设工程的后续质量和使用安全，相关费用也应在结算时合理考虑。例如，若工程在保修期内出现质量问题，承包人需承担修复责任，并可能因此产生额外的费用支出。
四、争议解决条款的效力
仲裁或诉讼条款：
- 合同中约定的通过仲裁或诉讼方式解决争议的条款独立于施工合同的效力。当施工合同无效引发纠纷时，该条款仍然有效，双方应按照约定的争议解决途径进行处理。这有助于确保纠纷能够得到及时、有效的解决，维护双方的合法权益。
过错责任划分部分：
- 虽然合同无效后，原约定的违约责任条款整体不能适用，但对于双方在合同签订及履行过程中存在的过错责任划分部分，仍具有一定效力。这部分条款对于确定双方应承担的责任和损失赔偿范围有重要作用。例如，若因发包人原因导致合同无效，发包人可能需承担更大的责任比例。
五、独立结算协议与清理协议的效力
- 如果当事人就建设工程施工合同的结算和清理事宜另行签订了独立的结算协议或清理协议，那么这些协议的效力将不受主合同（即建设工程施工合同）无效的影响。只要这些协议系当事人真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，就应认定为有效。这有助于保护当事人的合法权益，确保结算和清理工作的顺利进行。
在实际操作中，应充分考虑建设工程的特殊性以及相关法律法规的具体规定，以确保各方权益得到妥善处理。若您在建设工程领域遇到相关法律问题，欢迎直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和帮助。