即使与公司未签订书面劳动合同，仅签有保密协议，劳动者辞职仍需遵循法定程序以保障自身权益，同时确保不违反保密协议的约定。以下是从不同角度为你详细分析的情况：
一、劳动关系的确认与权益
尽管没有签订书面劳动合同，但只要你为公司提供了实际劳动且公司支付了相应报酬，即构成事实劳动关系。根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应向劳动者每月支付二倍的工资作为赔偿。因此，你有权要求公司支付未签订劳动合同期间的双倍工资差额（若符合支付条件）。为了后续维权，建议你收集如工资支付记录（银行转账记录、工资条）、工作证、考勤记录、同事证言等证据，以证明事实劳动关系的存在。
二、辞职的合法程序
协商一致解除：
- 你可以与公司进行沟通，表达辞职意愿，并尝试通过协商一致的方式解除劳动关系。在协商过程中，建议保留相关沟通记录，如聊天记录、邮件等，以备不时之需。
提前通知解除：
- 试用期内：若你仍处于试用期，根据《劳动合同法》的规定，只需提前三日通知用人单位即可解除劳动合同。建议采用书面形式（如辞职信）并保留送达证据。
- 转正之后：对于已转正的你，则需提前三十日以书面形式通知用人单位解除劳动合同。同样，应确保书面通知的有效送达，可通过邮政快递方式寄送辞职信，并在快递单上注明“辞职信”字样，同时保留好快递底单和查询记录。
三、保密协议的遵守
- 严格履行保密义务：在辞职过程中及离职后，你必须严格遵守保密协议的约定，不得泄露公司的商业秘密、技术秘密等保密信息。这是你的法定义务，也是职业道德的体现。
- 检查竞业限制条款：部分保密协议可能包含竞业限制条款，限制你离职后在一定期限内从事与原公司有竞争关系的业务或就职于竞争单位。若存在此类条款，公司应按月向你支付经济补偿。若公司未履行支付义务，你有权要求支付或解除竞业限制协议。
四、离职后续事项处理
- 工作交接：你应按照公司要求完成工作交接，确保工作的顺利过渡，并将工作资料、办公用品等归还公司。
- 工资结算：离职时，你有权要求公司结清所有应付工资，包括正常工作期间的工资以及可能存在的双倍工资差额（若符合支付条件）。如遇公司拒绝支付或克扣工资，你可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护权益。
- 离职证明：根据《劳动合同法》的规定，用人单位应在解除或终止劳动合同时出具相应的证明。你应要求公司出具离职证明，以便在未来就业时使用。
五、法律救济途径
若公司存在未签订劳动合同等违法行为，你可根据实际情况选择向劳动仲裁机构提起仲裁或向法院提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任，包括但不限于支付双倍工资作为赔偿。但在采取法律行动前，建议你充分评估自身情况，权衡利弊，以做出最明智的选择。
综上所述，即使在未签订书面劳动合同的情况下，你辞职也应遵循法定程序，并确保自身权益不受损害。同时，应严格遵守保密协议的约定，维护良好的职业形象与道德风尚。如果你在辞职过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。