内部审计部门对工程结算进行审核，在符合相关法律法规和公司章程规定的情况下，是合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律法规层面
内部审计的法律依据：
- 根据《中华人民共和国审计法》及相关规定，企业可以设立内部审计机构或配备内部审计人员，对本单位及所属单位的财政收支、财务收支、经济活动进行内部审计监督。工程结算作为企业经济活动的一部分，自然也在内部审计的监督范围内。
工程结算审核的合法性：
- 工程结算审核是确保工程款项支付准确、合理的重要环节。内部审计部门作为企业内部监督机构，有权对工程结算进行审核，以验证其真实性、合法性和准确性。这种审核行为并不违反任何法律法规，反而有助于企业规范管理、防范风险。
二、公司章程与内部管理层面
公司章程的规定：
- 如果公司章程中明确规定了内部审计部门的职责和权限，包括对工程结算进行审核的权力，那么内部审计部门进行工程结算审核就是合法且合规的。
内部管理需要：
- 从企业内部管理的角度来看，工程结算审核是确保企业资金安全、防止腐败和浪费的重要手段。内部审计部门通过审核工程结算，可以及时发现并纠正可能存在的问题，保障企业的经济利益。
三、实际操作中的注意事项
审核程序的合规性：
- 内部审计部门在进行工程结算审核时，应遵循一定的审核程序，如收集相关资料、进行现场勘查、与相关部门沟通等，以确保审核结果的准确性和可靠性。同时，审核过程应保持公正、客观，避免主观臆断和偏见。
审核结果的反馈与处理：
- 内部审计部门应及时将审核结果反馈给相关部门和人员，并对发现的问题提出整改建议。对于涉嫌违法违规的行为，应依法依规进行处理，以维护企业的合法权益和声誉。
与外部审计的协调：
- 如果企业同时聘请了外部审计机构进行工程结算审计，内部审计部门应与外部审计机构保持密切沟通，协调审核工作，避免重复劳动和资源浪费。同时，内部审计部门也可以利用外部审计机构的专业知识和经验，提高自身审核水平。
总结与建议：
内部审计部门对工程结算进行审核是合法且必要的。在实际操作中，企业应确保内部审计部门具备相应的专业能力和独立性，遵循合规的审核程序，及时反馈和处理审核结果，并与外部审计机构保持协调。如果您在工程结算审核过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律服务。