结论：合同纠纷过了三年诉讼时效后，警察组织协商且对方愿意人道主义赔偿，一般并不构成诉讼时效的中断。以下从多个角度进行详细分析：

一、诉讼时效中断的法定情形

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，诉讼时效中断的法定情形主要包括：

1. 权利人向义务人提出履行请求：这通常指的是权利人通过书面、口头或其他方式明确向义务人表示要求其履行合同义务。
2. 义务人同意履行义务：即义务人明确表示愿意履行合同义务，这可以通过书面、口头或其他方式表达。
3. 权利人提起诉讼或者申请仲裁：这是权利人通过法律途径维护自身权益的明确表示。
4. 与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形：这通常指的是一些特殊情况下，虽然未直接提起诉讼或申请仲裁，但具有与提起诉讼或申请仲裁同等法律效力的行为。

二、人道主义赔偿与诉讼时效中断的关系

1. 人道主义赔偿的性质：人道主义赔偿通常是在法律义务之外，基于道德、人情等因素而给予的赔偿。它并不直接涉及合同义务的履行，也不构成对合同权利的明确主张。
2. 不构成诉讼时效中断的理由：由于人道主义赔偿并非基于合同义务的履行请求或同意履行义务，也不属于提起诉讼或申请仲裁等法定情形，因此它一般不构成诉讼时效的中断。警察组织协商且对方愿意人道主义赔偿，只是表明对方在道德层面上愿意给予一定补偿，但并不改变合同纠纷已经过了诉讼时效的事实。

三、诉讼时效届满后的法律后果

1. 权利人丧失胜诉权：一旦诉讼时效届满，权利人将丧失通过法律途径强制义务人履行合同义务的权利。即使权利人提起诉讼，法院也可能以诉讼时效届满为由驳回其诉讼请求。
2. 义务人获得时效抗辩权：诉讼时效届满后，义务人有权以诉讼时效届满为由进行抗辩，拒绝履行合同义务。

四、特殊情况下的考虑

虽然一般情况下人道主义赔偿不构成诉讼时效的中断，但在某些特殊情况下，如果权利人能够证明对方在人道主义赔偿的过程中实际上承认了合同义务的存在，并且这种承认具有明确的、针对合同义务的履行请求或同意履行义务的意思表示，那么可能在一定程度上影响诉讼时效的计算。然而，这种情况需要具体的证据支持，并且法院在审理时会进行严格的审查。

建议：如果您面临合同纠纷且已经过了诉讼时效，建议您首先评估对方是否愿意基于合同义务进行赔偿，而不是仅仅依赖于人道主义赔偿。如果对方不愿意基于合同义务进行赔偿，您可以考虑通过其他方式（如协商、调解等）解决纠纷，或者咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果您有任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会尽我所能为您提供帮助。