结论：农村农业合作社流转村民的耕地用于建设养猪场是否合法，需分情况讨论，关键在于是否符合土地用途管制和法定审批程序。以下从法律角度展开分析：

1. 耕地转为建设用地的合法性前提

根据《土地管理法》第四十四条，耕地转为建设用地必须依法办理农用地转用审批手续，具体流程为：

• 县级规划审批：由县级自然资源部门编制土地利用总体规划，明确建设用地范围；
• 省级或国务院批准：涉及基本农田的，需报国务院批准；非基本农田的，由省级政府批准；
• 补充耕地义务：若占用耕地，需落实“占补平衡”，即开垦与占用面积和质量相当的耕地。

若未履行上述审批程序，即使合作社与村民签订了流转合同，该行为仍属违法，可能面临责令退还土地、恢复原状、罚款等行政处罚（《土地管理法》第七十七条）。

2. 土地流转的合法性边界

根据《农村土地承包法》第三十六条，耕地承包经营权流转不得改变土地的农业用途。若合作社与村民签订的流转合同中明确约定土地用于“养殖业”，需进一步区分：

• 设施农业用地：根据自然资源部《关于设施农业用地管理有关问题的通知》，养殖场属于设施农业用地，可直接用于农业生产，无需办理建设用地审批，但需向乡镇政府备案；
• 非农业建设：若养猪场涉及永久性建筑（如办公楼、宿舍等），则超出设施农业用地范围，必须依法办理农用地转用审批。

若流转合同未明确用途或擅自改变用途，村民可主张合同无效或要求解除合同，并追究合作社违约责任。

3. 环保合规性要求

根据《环境保护法》及《畜禽规模养殖污染防治条例》，养猪场需满足以下条件：

• 环境影响评价：规模化养殖场需编制环境影响报告表或登记表，报生态环境部门审批或备案；
• 污染防治设施：需配套建设粪污处理设施，确保达标排放；
• 禁养区限制：不得在饮用水水源保护区、自然保护区等禁养区内建设。

若未履行环保手续或违反禁养区规定，可能面临责令停止建设、罚款，甚至强制拆除等处罚。

4. 村民权益保护建议

• 审查合同：确认流转合同是否明确土地用途、期限及违约责任；
• 查询审批：要求合作社出示农用地转用审批文件或设施农业用地备案证明；
• 监督环保：向当地生态环境部门查询养猪场是否通过环评审批；
• 集体决策：若涉及集体土地，需经村民会议三分之二以上成员同意（《村民委员会组织法》第二十四条）。

若发现违法行为，村民可向县级自然资源部门、农业农村部门或生态环境部门举报，或通过诉讼主张权益。

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或证据收集要点。