结论前置：员工身体不舒服就医，不配合治疗后身亡，是否能认定工伤，需根据具体情况判断，关键在于是否满足“工作时间”“工作岗位”以及“突发疾病死亡或48小时内抢救无效死亡”的条件。以下从不同角度进行分析：
一、可能被认定为工伤的情形
满足“工作时间”“工作岗位”及“48小时”条件：
- 若员工是在工作时间内，且在工作岗位上突然感到不适，随后被送往医院，但因其不配合治疗（如拒绝手术、拒绝用药等），在48小时内死亡，这种情况在严格意义上仍可能被视为“在48小时之内经抢救无效死亡”。因为“抢救无效”不仅指医疗行为无效，也涵盖了患者不配合治疗导致死亡的情况。但实践中，这一点的认定可能存在争议，需要具体分析不配合治疗的原因、程度及对死亡结果的影响。
- 法律依据：根据《工伤保险条例》第十五条第（一）项规定，职工在工作时间和工作岗位，突发疾病死亡或者在48小时之内经抢救无效死亡的，视同工伤。
疾病与工作有关联：
- 虽然法律条文中未明确要求疾病与工作有直接的因果关系，但实践中，如果员工的疾病与其工作环境、工作压力等因素存在关联，可能会作为认定工伤的参考依据之一。例如，员工因长期加班导致过度疲劳，突发疾病死亡，即使其不配合治疗，也可能因疾病与工作有关联而被认定为工伤。
二、可能不被认定为工伤的情形
不满足“48小时”条件：
- 若员工不配合治疗，导致死亡时间超过48小时，则不符合“在48小时之内经抢救无效死亡”的规定，通常不会被认定为工伤。
疾病非突发性质或非工作原因导致：
- 如果员工患有慢性疾病，且并非在工作中突然发作，而是在工作期间病情逐渐加重，或者疾病与工作无关，即使其不配合治疗并死亡，也可能无法认定为工伤。
存在故意行为：
- 如果员工的死亡是由于醉酒、吸毒、自残或者自杀等故意行为导致的，则不属于工伤范畴。即使其是在工作时间内、工作岗位上发病，并因不配合治疗而死亡，也不会被认定为工伤。
三、工伤认定申请流程
- 及时报告：单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
- 提交材料：用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。申请时需提交相关证明材料，如医疗诊断证明、死亡证明、不配合治疗的相关证据（如医疗记录、证人证言等）等。
四、建议与注意事项
- 收集证据：在处理此类案件时，建议收集员工发病时的医疗记录、工作记录、证人证言等证据，以证明员工是在工作时间内、工作岗位上发病，并因不配合治疗而死亡。
- 咨询专业意见：由于工伤认定的复杂性，建议在实际操作中咨询专业律师或法律机构，以确保合法权益得到妥善维护。
综上所述，员工身体不舒服就医，不配合治疗后身亡，是否能认定工伤，需根据具体情况和法律法规进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。