结论：员工工作时遭主管殴打报警后双方协商达不成一致，警察会根据具体情况采取不同的处理措施，主要包括调解、行政处罚以及移送刑事案件处理等。
详细分析：
调解处理：
- 法律依据：根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第九条，对于因民间纠纷引起的打架斗殴或者损毁他人财物等违反治安管理行为，情节较轻的，公安机关可以调解处理。经公安机关调解，当事人达成协议的，不予处罚。
- 具体操作：在双方协商达不成一致的情况下，警察可能会尝试进行调解，以促使双方达成和解。调解过程中，警察会听取双方的陈述和意见，了解事情的来龙去脉，并尝试提出一个双方都能接受的解决方案。
行政处罚：
- 法律依据：如果调解不成，或者殴打行为情节较为严重，不构成犯罪的，公安机关将根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，对主管进行行政处罚，如罚款、拘留等。
- 具体操作：警察会依法对主管进行询问、调查取证，并根据调查结果作出行政处罚决定。员工有权要求警察对主管进行处罚，并可以要求主管赔偿因此造成的损失。
移送刑事案件处理：
- 法律依据：如果主管的殴打行为构成犯罪，如故意伤害罪等，公安机关将依法将案件移送至检察机关审查起诉。
- 具体操作：警察在调查过程中，如果发现主管的殴打行为涉嫌犯罪，将立即停止调解和行政处罚程序，并将案件移送至检察机关。检察机关将依法对案件进行审查，并决定是否对主管提起公诉。
法律建议：
- 保留证据：员工在遭受殴打后，应尽快报警并保留好相关证据，如医疗记录、现场照片、视频等，以便在后续的法律程序中证明自己的权益。
- 配合调查：员工应积极配合警察的调查工作，如实陈述事情经过，提供必要的证据和信息。
- 寻求法律援助：如果员工在处理此类事件时遇到法律难题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议和支持。
可能后果：
- 如果主管被行政处罚，员工可以要求其赔偿因此造成的损失，如医疗费、误工费等。
- 如果主管被追究刑事责任，员工可以作为被害人参与刑事诉讼程序，并有权要求主管赔偿因此造成的损失。在刑事诉讼过程中，员工还可以提起附带民事诉讼，要求主管赔偿经济损失。