结论：员工说不干就不干，签合同后被扣工资是否合法，需根据具体情况判断，并非绝对合法或非法。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定与法律规定
合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了员工擅自离职的违约责任，包括扣减工资等条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位在员工擅自离职时，有权依据合同约定扣减相应工资。
- 但需注意：合同中的扣减工资条款必须合理，不能过分高于用人单位因员工离职所遭受的实际损失，否则可能被认定为无效条款。
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得随意扣减员工工资。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。
- 如果员工擅自离职给用人单位造成了经济损失，用人单位可以要求员工赔偿，但赔偿金额应合理，且需通过合法途径（如劳动仲裁或诉讼）主张，而不能直接扣减工资。
二、员工擅自离职的性质与后果
擅自离职的性质：
- 员工擅自离职，即未经用人单位同意，擅自离开工作岗位，属于违约行为。这种行为可能给用人单位的正常生产经营秩序造成影响，甚至导致经济损失。
擅自离职的后果：
- 用人单位有权要求员工承担违约责任，包括赔偿经济损失等。但如前所述，赔偿金额应合理，且需通过合法途径主张。
- 如果员工擅自离职后，用人单位直接扣减工资，且扣减金额不合理或未通过合法途径主张，那么这种行为可能构成违法。
三、实际操作建议
对于用人单位：
- 在劳动合同中明确约定员工擅自离职的违约责任，包括赔偿经济损失的范围和计算方式等。
- 在员工擅自离职后，及时收集证据，证明因员工离职所遭受的实际损失，以便通过合法途径主张赔偿。
- 避免直接扣减员工工资，除非合同中有明确约定且扣减金额合理。
对于员工：
- 在离职前，应提前与用人单位沟通，并按照合同约定或法律规定办理离职手续。
- 如果因特殊原因需要擅自离职，应尽量减少对用人单位的影响，并主动承担违约责任（如赔偿经济损失等）。
- 如果用人单位擅自扣减工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
四、法律后果
- 如果用人单位擅自扣减员工工资，且扣减金额不合理或未通过合法途径主张，那么员工有权要求用人单位补发工资，并可能获得相应的经济补偿。
- 如果员工擅自离职给用人单位造成了经济损失，且用人单位能够证明损失的存在和金额，那么员工可能需要承担赔偿责任。但赔偿金额应合理，且需通过合法途径确定。
总结：员工说不干就不干，签合同后被扣工资是否合法，需根据合同约定、法律规定以及员工擅自离职的性质和后果来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。