结论：超休后补上是否扣底薪，这主要取决于公司的规章制度以及劳动合同中的相关约定。如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了超休需扣底薪，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司有权扣除底薪；反之，如果没有相关规定或规定违法，则公司不应扣除底薪。

详细分析：

1. 公司规章制度与劳动合同的约定：

   • 公司的规章制度以及劳动合同是员工与公司之间权利义务关系的重要依据。如果其中明确规定了超休的处理方式，包括是否扣除底薪，那么双方应遵守该约定。
   • 例如，如果劳动合同中规定“员工超休需按照日工资的XX%扣除底薪”，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司有权按照此规定扣除底薪。

2. 法律法规的强制性规定：

   • 即使公司规章制度或劳动合同中有相关规定，也必须确保这些规定不违反法律法规的强制性规定。例如，根据《劳动法》等相关法律法规，员工享有休息休假的权利，公司不得随意剥夺或限制。
   • 如果公司规章制度或劳动合同中的规定违反了法律法规的强制性规定，如无故扣除员工工资、侵犯员工休息休假权利等，那么这些规定将被视为无效，公司不得据此扣除底薪。

3. 实际操作中的建议：

   • 对于员工而言，应仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解自己的权利和义务，特别是关于超休和工资扣除的规定。
   • 如果公司规章制度或劳动合同中的规定存在疑问或不明确之处，应及时与公司沟通确认，避免产生不必要的纠纷。
   • 如果公司确实存在无故扣除底薪等违法行为，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

可能的情况与后果：

• 情况一：公司规章制度或劳动合同中明确规定了超休需扣底薪，且该规定合法有效。

  • 后果：公司有权按照规定扣除底薪，员工应遵守该规定。

• 情况二：公司规章制度或劳动合同中未规定超休需扣底薪，或规定违法无效。

  • 后果：公司不应扣除底薪，员工有权要求公司支付全额工资。如果公司坚持扣除，员工可以通过法律途径维护自己的权益。

总结与建议：

超休后补上是否扣底薪，需根据公司的规章制度和劳动合同中的相关约定来判断。员工应仔细阅读相关条款，了解自己的权利和义务。如果公司存在违法行为或规定不明确之处，员工应及时与公司沟通确认或寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。