在建设施工合同存在违法分包的情况下，总包计价中人工费上浮部分的处理需结合违法分包的法律后果、合同效力及实际履行情况综合判断。以下是具体分析：

1. 违法分包的法律定性及合同效力
   根据《民法典》第791条及《建筑法》第29条，违法分包（如未经建设单位认可、分包给无资质单位、主体结构分包等）会导致分包合同无效。但总包合同效力需单独判断：若总包合同本身合法，仅分包行为违法，则总包合同仍有效，但分包部分条款可能因违法而无效。

2. 人工费上浮部分的处理原则

   • 若分包合同无效但工程已竣工验收：根据《建设工程司法解释（一）》第24条，可参照合同关于工程价款的约定折价补偿。此时需区分人工费上浮的合理性：
     
     • 若上浮系因市场波动、政策调整（如最低工资标准提高）等客观原因，且总包方实际支付了上浮费用，可主张将该部分纳入折价补偿范围；
       
     • 若上浮系分包方通过不正当手段（如虚报工时、抬高单价）获取，总包方可主张扣除不合理部分，仅按实际成本补偿。
       
   • 若工程未竣工或质量不合格：根据《建设工程司法解释（一）》第12条，分包方需承担修复费用或减少价款，人工费上浮部分可能因工程未达标而被扣减。

3. 总包方与分包方的责任划分

   • 总包方对建设单位的责任：即使分包违法，总包方仍需对建设单位承担工程质量、工期等连带责任。若人工费上浮导致总包成本增加，总包方不得以分包违法为由对抗建设单位的付款请求，但可向违法分包方追偿。
     
   • 总包方对分包方的责任：若总包方明知或应知分包违法仍实施，可能被认定为共同违法，需与分包方共同承担行政处罚（如罚款、停业整顿），但民事赔偿仍按过错比例分担。

4. 实务建议

   • 证据固定：总包方应保存人工费上浮的依据（如政策文件、市场报价单、支付凭证等），以证明上浮的合理性；
     
   • 协商解决：优先与分包方协商，明确上浮部分的分担比例，避免诉讼成本；
     
   • 法律程序：若协商不成，可依据《仲裁法》或《民事诉讼法》提起诉讼/仲裁，主张按实际成本或市场价调整人工费。

总结：人工费上浮部分的处理需结合违法分包的具体情形、工程实际履行情况及双方过错程度综合判断。建议根据案件细节进一步分析，如有疑问可直接向我咨询。